Оставшиеся члены «ЛАВИНЫ», Клауд, Тифа и Баррет, забираются на главное здание Мидгара и освобождают Айрис и Рэда XIII. Им удаётся легко уйти из здания, так как многие сотрудники «Шин-Ра», в том числе и президент, оказываются убитыми Сефиротом, человеком, которого считали мёртвым несколько лет. Герои выясняют, что Сефирот, убивая сотрудников, говорил о том, что он не допустит «Шин-Ра» в Землю Обетованную. Становится также известно, что из научной лаборатории в главном здании убежало безголовое существо «Дженова». После смерти президента на его место назначен его сын Руфус, отличающийся более жестоким нравом, чем отец. Тем временем Клауд и его команда преследуют Сефирота, опасаясь, что у него есть более ужасные планы на Землю Обетованную, чем у «Шин-Ра». К отряду Клауда присоединяются Кайт Сит и Сид, а также опционально Юффи и Винсент. Клауд узнаёт план Сефирота: Сефирот хочет с помощью Чёрной материи призвать Метеор — заклинание, способное уничтожить мир. Если Планета очень сильно повреждена, то Поток Жизни соберётся в месте повреждения, чтобы её исцелить. Сефирот планирует оказаться в центре раны Планеты, соединиться с её энергией и таким образом стать богом. Когда Сефироту удаётся получить Чёрную материю, Айрис пытается остановить Сефирота в одиночку. Герои следуют за ней на северный континент в заброшенный город Древних. Когда они находят Айрис, молящуюся Планете, появляется Сефирот и на глазах у Клауда пронзает Айрис своим мечом, после чего скрывается. Несмотря на переполняющие Клауда чувства, он клянётся найти и убить Сефирота.

После смерти Айрис герои продолжают преследовать Сефирота. Когда они его находят, тот внушает Клауду, что его воспоминания — подделка, а сам Клауд всего лишь создан из клеток Дженовы профессором Ходжо. Как выясняется, Дженова — инопланетное существо, упавшее на Планету приблизительно за две тысячи лет до начала сюжетной линии Final Fantasy VII. Дженова стала заражать обитателей Планеты неким вирусом, который превращал их в ужасных монстров, среди жертв вируса также было очень много Цетра. В попытке защитить себя Планета создала гигантских монстров «ОРУЖИЕ». ОРУЖИЕ стало уничтожать больше обычных живых существ, чем порождений Дженовы. Тем не менее, группе уцелевших Цетра тогда удалось её победить. За несколько десятков лет до начала событий игры останки Дженовы нашёл профессор Гаст Фаремис — учёный, работавший на «Шин-Ра». Ошибочно считая Дженову Древней, профессор Гаст провёл эксперимент, в котором вживил клетки Дженовы в нерождённого ребёнка, чтобы создать человека со способностями Древнего. За пять лет до начала событий игры Сефирот на миссии в Нибельхейме, родном городке Клауда и Тифы, узнал, что он как раз и был результатом этого эксперимента. Сефирот начал считать себя последним Цетра, созданным из генетического материала Дженовы, и, обезумев, сжёг Нибельхейм, убив множество людей. Клауд столкнулся с Сефиротом во время этого инцидента, после чего Сефирот пропал без вести и считался мёртвым до своего появления в главном здании «Шин-Ра». Когда герои доходят до гигантского кратера на северном континенте, Сефирот говорит Клауду, что его не было тогда в Нибельхейме, показывая ему свои воспоминания, где вместо Клауда с Сефиротом в Нибельхейме был черноволосый СОЛДАТ. Тифа, также бывшая в Нибельхейме в то время, не может опровергнуть слова Сефирота. Становится известно, что Сефирот всё это время находился внутри кратера, герои же преследовали Дженову, принявшую обличье Сефирота и управляемую его волей. После этого Сефирот вызывает Метеор, тем самым побуждая Планету пробудить ОРУЖИЕ в ответ. Начинается землетрясение, и Клауд падает в Поток Жизни, отделяясь от остальных.