Многочисленные нововведения в игре также были встречены неоднозначно, например, рецензент GamesRadar пишет, что Final Fantasy XII относится к играм, которые фанаты будут «любить или ненавидеть». Обозреватель GameSpot назвал системы гамбитов и лицензий инновационными, но критиковал их за чрезмерную сложность. По его мнению, хотя эти системы позволяют более чётко контролировать развитие и действия игровых персонажей, к ним сложно привыкнуть, особенно игрокам, незнакомым с серией Final Fantasy. Журналист IGN считает, что привычные элементы в Final Fantasy XII органично сочетаются со множеством нововведений, которые формируют уникальную атмосферу игры. Новую боевую систему он назвал «выдающейся», также высоко оценив её и отдельно отметив искусственный интеллект врагов, которые не ведут себя по принципу «бей меня, пока я не умру». «Монстры атакуют стаями, отступают, если чувствуют угрозу, применяют ослабляющие заклинания на отряд», — пишет обозреватель. Вместе с тем систему гамбитов он охарактеризовал неоднозначно. С одной стороны, журналист посчитал её интересным нововведением, но, с другой стороны, отметил, что постоянное использование гамбитов снижает удовольствие от игры. Журналист «Страны игр» посчитал, что Ясуми Мацуно в случае со сложностью игры также пришлось идти на компромисс: если его предыдущая игра Vagrant Story была создана для «узкой хардкорной аудитории», то в данном случае Square Enix планировала выпускать Final Fantasy XII для широкой аудитории, и Мацуно «пришлось подчиниться». Сложность игры была повышена только в международной версии Zodiac Job System, где на развитие персонажей были наложены определённые ограничения.

Обозреватель 1UP.com положительно отозвался о новой боевой системе игры и, в частности, о концепции гамбитов. Он отмечает, что хотя гамбиты помогают в сражениях, игроку всё равно не следует расслабляться, так как многие боссы могут менять стратегию сражения. По мнению журналиста, разработчики специально внедрили возможность приостановить сражение, так как многим фанатам серии Final Fantasy было бы слишком непривычно проводить все бои только в режиме реального времени. К отрицательным сторонам он отнёс тот факт, что в локациях может присутствовать множество монстров разного уровня и силы, что требует постоянной концентрации и может оказаться непривычным для многих игроков. Лимит на трёх персонажей в отряде он также посчитал недостатком игры, несмотря на то, что иногда по ходу игры к отряду присоединяется четвёртый «гость». Обозреватель GamesRadar также отметил новую систему боя и возможность использования гамбитов. По его мнению, хотя изначально может показаться, что «игра играет в саму себя», на самом деле это не так: игроку придётся постоянно следить за ходом сражения и быстро менять стратегию, особенно в битвах с боссами. Тем не менее, он добавляет, что гамбиты со сложными условиями срабатывания могут не пригодится почти до самого конца игры.

В рецензии GameSpot новая Доска лицензий отнесена к положительным сторонам, тогда как в обзоре GamesRadar она получила неоднозначный отзыв. По мнению рецензента, с одной стороны, она позволяет развивать героев так, как захочет игрок, но, с другой стороны, нет никакой ориентированности на конкретного персонажа (на его профессию), и развитие отряда может стать скучным. Система призываемых персонажей подверглась критике. Журналист GameSpot считает, что она была проработана недостаточно: «Налицо небольшое несоответствие между тем, что игра просит вас сделать, и теми возможностями, которые она для этого предоставляет». Обозреватель GamesRadar считает, что необходимость в призываемых существах практически никогда не возникает, и зачастую гораздо надёжнее использовать «простую и продуманную стратегию». Система специальных ударов также подверглась критике с его стороны: «Тебе придётся тратить почти все очки магии, чтобы [применить специальную атаку]… И к тому моменту игры, когда у тебя будет достаточно маны для этого, ты уже привыкнешь побеждать противников другими способами. Поэтому… ты будешь обращать мало внимания на эти аспекты игры, хотя начиная с Final Fantasy VII они [призываемые существа и специальные удары] были одной из основ Final Fantasy».