Путешественники выясняют, что многие влиятельные люди также надеятся предотвратить войну. Ларса пытается проникнуть в планы Вейна по применению нефицита (магицита, впитавшего Мглу) в военных целях. Ларса также связался с Аль-Сидом Маргрейсом, членом правящей семьи Розаррии, чтобы убедить две империи остановить войну. Согласно его плану, они объявят, что Аше стала королевой Далмаски и попытаются убедить императора Аркадии Грамиса прекратить военные действия. Однако план проваливается, когда императора убивают. Вейн, получивший трон по наследству, возлагает вину на Сенат и его председателя Грегорота. По совету Анастасиса герои отправляются в Святилище Мириам за другим артефактом Рейтволла — Мечом Королей, который способен уничтожать нефицит. Однако, пока отряд находился в Святилище, Судья Берган убивает Анастасиса и отправляет принца Ларсу обратно в Аркадию. Путешественники возвращаются и убивают Бергана, но не успевают спасти Анастасиса. Здесь же они встречают Аль-Сида, который советует им отправиться в город Аркадес, столицу Аркадии, но для этого им предстоит проделать большой путь пешком. В Аркадесе им следует проникнуть в лабораторию Драклор, где доктор Сид ставит эксперименты над нефицитом и занимается его производством. В результате отряд нападает на Сида, но ему удаётся скрыться, при этом он упоминает, что отправляется в Гирувеган, место, где по легенде находится колоссальный кристалл нерукотворного нефицита — Солнечный Кристалл. Отряд достигает Гирувегана, но Аше в одиночестве встречается с создателями Солнечного Кристалла — бессмертными Окю:риа, бестелесными духами; они пытаются управлять ходом истории через избранных героев, таких как Рейтволл в прошлом и Аше теперь. Они вручают Аше Меч Договора, чтобы отрубить от Кристалла новые осколки нефицита.

Во внутриигровом видео игрок видит, что доктору Сиду в его исследованиях нефицита помогала Венат, отступница из народа Оккурий. Она объединилась с Сидом и Вейном, затмив их рассудок, чтобы вернуть «бразды правления историей в руки людей». Вейн собирается стать новым Верховным Королём и с помощью произведённого нефицита завоевать весь Ивалис. Сид, который оказывается отцом Балтьера, был полностью поглощён своими исследованиями мощи нефицита после визита в Гирувеган и встречи с Венат. Военная кампания, приведшая к оккупации Далмаски и уничтожению города Набудиса, была предпринята для овладения и изучения нерукотворного нефицита.

Аше приходится выбирать: последовать совету Оккурий и взять осколки Солнечного Кристалла, чтобы свершить свою месть, либо уничтожить Кристалл и положить конец власти Оккурий над историей. Аше, ещё ни на что не решившись, вместе со своими спутниками и присоединившимся к ним пиратом Реддасом отправляется на маяк Фарос, где находится Солнечный Кристалл. На вершине башни они встречают Габранта, который признаётся в убийстве короля Раминаса, чтобы пробудить ненависть Аше. Отряду удаётся победить Габранта; затем появляется Сид и также атакует путешественников, но проигрывает сражение. Перед смертью Сид использует осколки нефицита, чтобы пробудить истинную мощь Солнечного Кристалла. Реддас жертвует собой, чтобы уничтожить его, пронзая Мечом Договора.

От Аль-Сида Аше узнаёт, что в Рабанастре вот-вот начнётся война между Аркадией и Сопротивлением под руководством маркиза Ондора. Огромная воздушная крепость «Багамут» с мощным вооружением, поглотившая энергию Солнечного Кристалла, высвобожденную после его уничтожения, летает над городом. Аше и её спутники с помощью Сопротивления проникают на «Багамут» и вступают в бой с Габрантом. Он потрясён преданностью Баша после всего, что с ним произошло. Отряд находит Вейна и Ларсу — они спорят, и Ларса осуждает жажду мощи Вейна. В результате Ларса и Габрант присоединяются к героям и атакуют Вейна и Венат. Вейн проигрывает бой, и Аше объявляет о завершении войны, а Ларса принимает командование над имперской армией и прекращает военные действия. Отряд покидает «Багамут», лишившийся энергии нефицита и грозящий упасть на город, но на борту остаются Балтьер и Фран, чтобы попытаться увести летающую крепость подальше от Рабанастра. Связь с ними теряется, и об их судьбе никто ничего не знает.