Монстры больше не блуждают по локациям, как это было в последних частях серии, отныне они генерируются случайным образом по аналогии с ранними играми Final Fantasy. Перед стартом каждого случайного сражения начинает действовать так называемая система Mog Clock, дающая отряду разнообразные бонусы и штрафы в зависимости от скорости вступления в бой. Общение с неигровыми персонажами осуществляется теперь с помощью системы Live Trigger, которая в отдельных случаях позволяет выбирать разные варианты ответов, тем самым направляя диалог в разные стороны. Благодаря такой возможности можно узнать от встреченных людей новую информацию, но на итоговую концовку это никак не влияет — концовки зависят от других вещей. Режиссёр Торияма отмечал в интервью, что развёрнутые диалоги привнесены сюда лишь затем, чтобы общение с NPC доставляло больше удовольствия, а не для разветвления истории.

Весь геймлей построен теперь на системе путешествий во времени Historia Crux, благодаря которой персонажи перемещаются в разные эпохи и обследуют одни и те же локации в разных временных обстоятельствах, как в прошлом, так и в будущем. Historia Crux создана под влиянием других известных японских ролевых игр с путешествиями во времени, Chrono Trigger и Radiant Historia.

Сюжет

В этот раз история глубже затрагивает мифологию вселенной Fabula Nova Crystallis, фокусируя внимание на богине Этро. Миры Пульс и Кокон из оригинальной игры присутствуют и в продолжении, игрок имеет возможность посетить старые локации и взглянуть на них спустя много лет в разных временных периодах. Что необычно, в игре всего лишь два игровых персонажа: Сера Феррон, младшая сестра Молнии, и подросток Ноэль Крайсс, пришедший из далёкого будущего. В своём мире он был последним выжившим представителем человеческой цивилизации, теперь он путешествует во времени, пытаясь хоть как-то отвратить ужасную судьбу, надвигающийся на человечество апокалипсис. Сама Молния теперь служит рыцарем на защите богини Этро, противостоит загадочному антагонисту с пурпурными волосами Кайюсу Балладу, который тоже пришёл из будущего, причём когда-то был другом и наставником Ноэля. Многие персонажи из оригинальной тринадцатой части появляются здесь в виде NPC, перед игроком предстанут заметно повзрослевшие Сноу Виллерс и Хоуп Истейм.

Предыдущая часть закончилась тем, что героини Фанг и Ваниль сформировали между Коконом и Пульсом кристальную колонну, удержав миры от столкновения. Остальные персонажи избавились от меток л’си и, казалось бы, благополучно спаслись. Однако в этой игре выясняется, что победа над фал’си Орфаном имела побочный эффект, из-за которого Молния исчезла в потустороннем измерении под названием Валгалла. Люди считают Молнию погибшей или пожертвовавшей собой в ходе случившейся катастрофы, и только Сера не верит в смерть сестры. Через три года деревня беженцев на Пульсе подвергается нападению монстров, и появившийся из ниоткуда Ноэль спасает её и предлагает отправиться в путешествие через время и пространство на поиски Молнии, так как от этого зависит судьба всего человечества.

Разработка

Слухи о создании сиквела начали ходить ещё в январе 2010 года, когда художественный руководитель Камикокурё сказал в интервью, что в ходе производства оригинальной тринадцатой части из неё по тем или иным причинам было вырезано довольно много контента, настолько много, что хватило бы на ещё одну игру. В марте намекнул на возможность продолжения продюсер Китасэ, а в декабре художник Номура опубликовал рисунок Молнии с подписью «Она не должна быть забыта». Официальный анонс состоялся на пресс-конференции в Токио 18 января 2011 года, пришедшим был показан видеоролик с Молнией в рыцарских доспехах, противостоящей таинственному человеку с пурпурными волосами. Костяк команды разработчиков остался прежним, единственное отличие заключается лишь в том, что некоторую работу взяла на себя студия tri-Ace, занимавшаяся дизайном, созданием некоторых концептуальных изображений и программированием.