Персонажи

Значительную часть игры команда игрока состоит из четырёх персонажей:

• Феликс — восемнадцатилетний Адепт Венеры из деревни Вейл («Vale»), являющийся протагонистом, хотя он был антигероем в Golden Sun. Во время игры он не разговаривает, единственные его реплики: "...", "!" и "Почему?".
• Дженна — семнадцатилетняя Адепт Марса, младшая сестра Феликса.
• Шеба — четырнадцатилетняя Адепт Юпитера.
• Пирс — загадочный Адепт Меркурия. У него есть корабль, на котором герои впоследствии отправляются в плавание.

Также вместе с командой путешествует престарелый и мудрый учёный Краден, который ранее вместе с Дженной и Шебой был взят Феликсом в заложники. Теперь, когда игрок берёт на себя роль Феликса, он должен завершить дело Сатуроса и Менарди — возвратить Алхимию в Вейард.

Феликса по-прежнему преследуют герои из первой игры Golden Sun под предводительством Исаака, молодого Адепта Венеры, который и ранее следовал за ним по всему миру и пытался остановить, считая, что Алхимия является потенциально разрушительной силой и способна уничтожить Вейард. Алекс, бывший компаньон Сатуроса, присоединяется к паре могущественных Адептов Марса, которых зовут Карст и Агатио. Вместе они следят за Феликсом, надеясь, что ему удастся завершить задуманное и вернуть Алхимию.

Сюжет

Игра продолжает сюжет предыдущей Golden Sun. Сатурос и Менарди пали в битве против Исаака и его друзей, но всё же успели осветить два Маяка Стихий из четырёх. И теперь Феликс, бывший товарищ Сатуроса, самостоятельно отправляется в путешествие, чтобы завершить начатое им дело и осветить два оставшихся маяка, что в конечном счёте приведёт к возвращению могущественной Алхимии в Вейард. Бороздя океаны со своим новым другом Пирсом, Феликс посещает различные уголки мира, но отряд Исаака всё ещё преследует его.

Во время странствий команде Феликса удаётся попасть в Лемурию («Lemuria»), легендарный и изолированный от внешнего мира морской город. Они добиваются в встречи с королём Лемурии Гидросом и от него узнают об истинной природе Алхимии; оказывается, что она всегда была источником жизненной силы Вейарда, и её отсутствие привело к территориальном уменьшению континентов и полному исчезновению в бездне некоторых частей света. Убедившись в том, что возвращение Алхимии необходимо для спасения мира, Феликс предлагает отправиться к Маяку Юпитера и осветить его. Но туда же приходит команда Исаака и попадает в ловушку, подготовленную Карст и Агатио, желающими отомстить за гибель Сатуроса и Менарди. Появившийся здесь Феликс помогает Исааку победить противников.

Феликсу наконец-то удаётся объяснить Исааку, что освобождение Алхимии необходимо для спасения мира, и что Сатурос и Менарди пытались этого достичь только ради того, чтобы спасти свой родной город Прокс, находящийся на севере Вейарда близ Маяка Марса. Герои объединяют свои усилия, и теперь единая команда из 8 человек отправляется в путь, чтобы зажечь Маяк Марса. Когда они достигают вершины маяка, перед ними появляется Мудрец, который когда-то поручил Исааку предотвратить распечатывание Алхимии. Он предупреждает, что человечество может очень легко разрушить Вейард, если получит в распоряжение столь могущественную силу. Исаак настаивает на том, что печать нужно сломать, Мудрец в ответ на это призывает гигантского трехглавого дракона, и герои вступают в последнюю битву.