С помощью правительства и Дона Гравелли Нико находит Дарко Бревича, подставившего его на войне, он может оставить ему жизнь, а может убить. Также Джимми, поняв что он окружил себя «крысами» просит Нико убрать своего телохранителя Энтони, а также Рэя Боччино.

Финал

Сюжет в игре впервые в серии предлагает две различные концовки, которые зависят от последнего выбора Нико. Герой должен решить, стоит ли ему отомстить Дмитрию Раскалову, в чём Нико поддерживает Кейт МакРири, или следует заключить с Раскаловым сделку, на что его уговаривает Роман.

Месть

Если герой отправится мстить, то он встретится c Дмитрием на корабле «Platypus» (место, где начиналась игра). После продолжительной перестрелки Беллик убьёт Дмитрия и отправится на свадьбу Романа и Меллори. Кейт рада, что Нико совершил свой последний плохой поступок и теперь может начать жизнь заново, и сопровождает его на свадьбе. После церемонии к церкви приезжает Джимми Пегорино и стреляет в гостей, пытаясь убить Нико, но смертельно ранит Кейт. Вместе с Джейкобом и Романом герой преследует подручных Пегорино до старого казино, где скрывается Джимми, после чего погоня за ним продолжается вдоль берега и, наконец, на вертолёте. Нико настигает Пегорино на Острове Счастья, где и убивает его. Вместе с кузеном Беллик решает, что им пора по-настоящему начать новую жизнь.

Сделка

В случае, если герой соглашается на сделку с Дмитрием, Нико с Филом Беллом едут на встречу. Хотя Раскалов не сдерживает свою часть уговора, герои в конце концов добывают деньги за наркотики. Кейт недовольна тем, что Нико её не послушал, и не идёт на свадьбу Романа. После торжественной церемонии киллер, который должен был убить Нико, попадает в Романа. Отчаявшись, Беллик вместе с Джейкобом атакуют Дмитрия в старом казино, где прячутся и Раскалов, и оказавшийся его сторонником Пегорино. Дмитрий убивает Пегорино и улетает от Нико на Остров Счастья. Герой гонится за Раскаловым и убивает его. В конце Нико решает, что лучше начать новую жизнь.

Казнить или помиловать?…

На протяжении всей игры перед игроком часто будет стоять выбор: убить или оставить в живых. Кардинально сюжет не поменяется от выбора, а всего лишь будут добавлены несколько побочных миссий.

Дополнительные задания

Некоторых персонажей, которым игрок сохранил жизнь, можно позже встретить на улице и взять у них дополнительные задания. Дополнительные задания даются «случайными» прохожими, то есть герой получает их, просто встретив прохожего на улице. Выполнить эти задания обычно не составляет никакого труда — просто подвезти персонажа или преподать урок бандитам.

Коммуникации

Мобильный телефон

В GTA IV очень много возможностей, связанных с мобильным телефоном. На телефон можно получать текстовые и мультимедийные (только на телефоне «Whiz») сообщения, отвечать на звонки, назначать/отменять свидания с друзьями, переигрывать провалившиеся миссии. Игрок может фотографировать телефоном и, в некоторых случаях, загружать фотографии в полицейский компьютер для обнаружения преступника. Нико может вызвать по номеру 911 полицию, «скорую помощь» или пожарную машину. На телефоне можно сменять мелодию звонка, визуальную тему и размер шрифта. Кроме того, с помощью телефона можно начинать сетевую игру или зайти в видео-редактор.

Интернет

В GTA IV есть внутриигровой интернет, содержащий более ста веб-страниц. Воспользоваться интернетом игрок может через компьютер в интернет-кафе «tw@» или в квартирах в Алгонквине. Через интернет игрок сможет читать и отправлять электронные письма, знакомиться с людьми, читать новости, узнавать погоду, получать доп. задания.