Претерпел изменения и путь между островами. Мост между Portland Island и Staunton Island, а также туннель, соединяющий их в Grand Theft Auto III ещё не завершён, открыта только секция туннеля, которая идёт от северной части острова Shoreside Vale до южной. Мост «Callahan Bridge» (который разрушается взрывом в начале Grand Theft Auto III) также недостроен. Строительство моста в игре закончено так и не будет, но после миссии «Driving Mr. Leone» перед недостроенными пролётами появляются трамплины, и игрок путем прыжков на транспортном средстве может попасть на остров Портленд. Вместо автодорог между островами курсирует паром, которого на момент действия Grand Theft Auto III уже нет, а на месте паромных причалов в Portland Island и Staunton Island — соответственно въезд в уже достроенный туннель Porter и небольшая военная база.

Нововведения

Обновился и расширился список игровых средств передвижения — были добавлены новые автомобили (например V8 Ghost, Thunder-Rodd, Deimos SP, Hellenbach GT, Phobos VT, Hearse и ряд других).

В Liberty City появились и мотоциклы, которые по сюжету позже были запрещены в GTA III (на веб-сайте Grand Theft Auto: Liberty City Stories сообщается, что наличие мотоциклов в Liberty City было осуждено общественностью и поддержано корпорацией «Майбацу» («Maibatsu Corporation») для того, чтобы увеличить использование автомобилей в городе.

Наряду с традиционными дополнительными миссиями таксиста, полицейского, пожарника, медика и т.д, в игру были добавлены новые:

• Trashmaster — на мусоровозе требуется собрать трупы убитых из мусорных баков и отвезти на городскую свалку.
• Karmageddon — требуется устроить беспорядки на улицах города на угнанной пожарной машине.
• Noodle Punk — миссия сходна с таковой миссией развозчика пиццы из Vice City, только в этот раз за указанное время требуется доставлять лапшу из ресторана Punk Noodles.
• Car Salesman — миссия по продаже автомобилей.
• Bike Salesman — миссия по продаже мотоциклов.
• See the Sights Before Your Flight — необходимо встретить туриста в аэропорту провезти его по всем достопримечательностям Либерти-Сити, успев к обратному авиарейсу.
• Avenging Angels — необходимо патрулировать район в специальной форме ангела-дружинника с напарником и отлавливать нарушителей правопорядка.
• Scooter Shooter — требуется гоняться за помеченными автомобилями и расстреливать их из Tec-9, сидя за спиной водителя мотоцикла.

Оружие

Выбор оружия в Grand Theft Auto: Liberty City Stories практически идентичен вооружению в Grand Theft Auto: Vice City, с несколькими изменениями. Также, как и в предыдущих частях, оружие подразделяется на категории по типам, и у главного героя может быть только по одному оружию каждого типа.

• Тип 1: Ручное оружие: Кулак, кастет
• Тип 2: Холодное оружие: Нож, бейсбольная бита, долото, пожарный топор, катана, бензопила, хоккейная клюшка, мясницкий нож, полицейская дубинка, мачете
• Тип 3: Пистолеты: 9 мм пистолеты (Glock 17),.357 Magnum (Colt Python)
• Тип 4: Дробовики: Дробовик, обрез дробовика, полицейский дробовик (SPAS-12)
• Тип 5: Полуавтоматы: TEC-9, MAC-10, Micro-SMG (УЗИ), H&K MP5K
• Тип 6: Автоматы: AK-47, M4 (винтовка)
• Тип 7: Тяжёлое оружие: Гранатомёт РПГ-7, MiniGun M134, M60, Огнемёт
• Тип 8: Взрывное и воспламеняющее оружие: Граната, Коктейль Молотова, радиоуправляемая бомба, газовая граната
• Тип 9: Винтовки: PSG-1, снайперская винтовка,
• Тип 10: Дополнительно: Детонатор (для радиоуправляемой бомбы)