• Глава 7: Перекрёстное влияние/Перекрёстный огонь (Crossfire) (карта dy_focus.bsp) — После, Джина и Колетт пробираются по канализационной системе в битвах с солдатами и пришельцами и достигают Гамма-лабораторий. Там они находят большой смещающий маяк, используемый учёными для открытия мини-порталов, при помощи которых безопасно добывались образцы из ксена. Маяк должен будет обратить каскадный резонанс, поэтому они поднимают его на поверхность.
• Глава 8: Напряжённость (Intensity) (карта dy_lasers.bsp) — В Гамма-лабораториях Джина и Колетт снова встречают доктора Келлера, который посылает их в нижние лаборатории, где изучались пришельцы ксена. Учёные, которые там работали, убиты самими пришельцами, поэтому только Джине и Колетт остаётся, правильно расположив зеркала и лазеры активировать лучевую матрицу для включения смещающего маяка.
• Глава 9: Разлом (Rift) (карта dy_fubar.bsp)— Джина Кросс и Колетт Грин выходят на площадку со смещающим маяком. Келлер остаётся в комнате управления, а Джина и Колетт используют маяк для зарядки трёх больших кристаллов, фокусировка которых закроет пространственный разлом. В это время на площадку начинает телепортироваться множество вортигонтов и иномирных пехотинцев, к чему доктор Келлер заранее подготовил Джину и Колетт. Неожиданно из портала появляется ксеновский летающий скат, который пытается уничтожить смещающий маяк, чтобы не дать запечатать разлом. Расправившись с Мантой, Джина и Колетт на несколько мгновений застревают в гармоническом рефлюксе, но после их телепортирует обратно к доктору Келлеру, который сообщает, что пространственный разлом был успешно закрыт.
• Бонусная миссия: Зен атакует (Xen Attacks) (карта dy_alien.bsp)— Двое вортигонтов, называемых дронами X-8973 и R-4913, должны извлечь образец кристалла, используемый для тестов в Чёрной Мезе, и вернуть его их лидеру, Нихиланту. Они находят образец в подземных гаражах, захваченный военными.

Версия игры на ПК

Несмотря на то, что у Gearbox Software имелась версия Half-Life: Decay на PC, компания так и не выпустила её, поскольку, по словам разработчиков, у большинства игроков могут возникнуть сложности при игре в неё на компьютере. Таким образом, множество фанатов серии Half-Life лишились возможности поиграть в это дополнение.

Но, с октября 2005 года, группа энтузиастов из Украины взялась за собственный перенос Decay на PC. Вскоре они открыли свой сайт, посвящённый их порту Decay. 31 декабря 2007 года началось бета-тестирование порта, однако разработчики распространяли бета-версию игры только среди своих близких друзей.

23 сентября 2008 года работа над перенесением Half-Life: Decay на компьютер была завершена. Игра была выпущена как модификация к Half-Life — и для Steam, и для WON-версии.

В данную версию можно играть как вдвоем (по сети), так и одному. При одиночном прохождении игрок, решая загадки для кооперативной игры, поочерёдно переключается между персонажами (клавишей G по умолчанию). Второй персонаж остаётся стоять на месте. В таких случаях планировалось сделать для него бота, но из-за сложностей он не был добавлен в финальную версию. Однако, если враг подойдет к напарнице, оставшейся без присмотра, то она откроет огонь (что происходит не всегда). При гибели одного из персонажей миссия начинается сначала.

В начале игры уровни, как и в PS2-версии Decay, заблокированы и открываются по порядку, по мере её прохождения. Также оставлена и система рейтингов; по-прежнему игроки, пройдя все главы с высшими оценками, получают доступ к дополнительной миссии.