Как и во многих ролевых играх, в Kingdom Hearts II есть система опыта. Побеждая врагов, главный герой и его напарники получают опыт. Получив определённое количество очков, главный герой или его напарник поднимается на уровень вверх — с новым уровнем увеличиваются его характеристики, в результате чего персонаж становится сильнее. Как и в первой игре, в начале Kingdom Hearts II игрок проходит обучение, где решает, какую характеристику — атаку, защиту или магию — усилить, а какой пожертвовать взамен.

Бои в Kingdom Hearts II происходят в реальном времени. Игрок использует аналоговый стик и кнопки, чтобы бегать и прыгать; также в левом нижнем углу экрана находится меню, в котором можно выбрать команду (Commands) — то или иное действие персонажа. С помощью меню можно атаковать врага, применить заклинание, использовать предмет, призвать нового напарника на поле боя или использовать совместную атаку с напарником. Появилась новая способность «Команда реакции» (Reaction Command), которую можно применить только в битвах против определённых врагов. Чтобы её использовать, игрок должен нажать кнопку можно добить только «командой реакции».

Полёты на Корабле Гамми (Gummi Ship) из первой игры, ставшие объектом критики, были изменены. Хотя суть полётов осталась той же самой, система была переделана так, чтобы представлять собой нечто среднее между «шутером на рельсах» и «американскими горками Диснейленда», то есть «труба», по которой летит корабль, перестала быть прямолинейной. Корабль Гамми нужен, чтобы путешествовать в пространстве между мирами. Теперь в мир нельзя попасть сразу: чтобы попасть в тот или иной мир, нужно пройти миссию на Корабле Гамми, где игрок должен сражаться с вражескими кораблями. После прохождения миссии мир становится открыт, но если по сюжету его снова нужно будет пройти, то задание нужно будет проходить заново.

Драйв-формы

Одно из наиболее примечательных нововведений — Драйв-шкала (Drive Gauge). Её можно тратить либо на призыв новых напарников на поле боя, либо на переход в Драйв-форму (Drive Form). Когда Сора переходит в Драйв-форму, он в буквальном смысле сливается со своими союзниками и становится намного сильнее. Некоторые Драйв-формы позволяют Соре носить два Keyblade, а также дают ему способности, которые могут быть использованы вне боя. Первые Драйв-формы, которые игрок получает, требуют, чтобы Сора слился с одним из напарников (Дональдом или Гуфи); позже можно научиться сливаться с обоими сразу. Когда Сора использует Драйв-форму, напарник или напарники исчезают до того момента, пока Сора не перейдёт в нормальное состояние. В отличие от очков здоровья и очков маны, Драйв-шкалу нельзя заполнить на точках сохранения игры — её можно заполнить, только убивая врагов.

Как и в первой игре, Сора может призвать некоторых персонажей. Вызванный им герой заменит собой двух напарников и будет сражаться за Сору, пока Драйв-шкала не закончится или пока Сора не умрёт. Призываемые персонажи могут проводить совместные атаки с игроком. Можно прокачивать Драйв-формы и способности к призыву — чем выше уровень, тем длиннее время использования Драйв-формы или призыва, и тем больше способностей в Драйв-форме доступны для игрока.

Сюжет

Игровая вселенная

Вселенная Kingdom Hearts II состоит из уровней, называемых мирами. Как и в первой игре, бо́льшая часть локаций основана на мультфильмах студии Уолта Диснея, а остальные были придуманы специально для серии игр. Впервые в серии появились миры, основанные на фильмах Диснея. У каждого мира свой облик и персонажи, в зависимости от того, на каком произведении Диснея он был основан. Они существует отдельно и не пересекается с другими локациями, за редкими исключениями. Главные герои, Сора, Дональд Дак и Гуфи, путешествуют на Корабле Гамми.