Выполняя задания, персонажам приходится исследовать леса, горы, подземелья в окрестностях школы. В этих местах бродят звери, демоны, ведьмы и прочая недружелюбная живность, и игрок может вступить с ними в бой, если коснётся иконки противника. Можно также ударить по иконке монстра мечом и получить преимущество в начале битвы. Бои в Mana Khemia пошаговые, очерёдность ходов отображена в верхней части экрана в виде ряда карт. Все участники битвы могут использовать умения и колдовать заклинания, непосредственно когда придёт их очередь хода, а также выставлять карты умений в цепочку карт: такие навыки активируются позже. Некоторые персонажи могут манипулировать картами: пододвигать карты хода союзников, отбрасывать карты хода оппонентов, уничтожать вражеские карты заклинаний и т. п. В битве участвуют до шести персонажей, трое персонажей стоят в авангарде, их карты хода перемещаются в общей цепочке, и их непосредственно атакуют противники. Ещё трое находятся в запасе. Персонажей из запаса можно вызвать во время хода одного из героев, во время его атаки или во время нападения на него врага. Пришедший из запаса подменяет активного героя, который уходит в арьергард, где восстанавливает силы и ману; через определённое количество ходов, он может быть вызван обратно на поле боя.

Главной особенностью игры является алхимия. Здесь это наука, изучающая возможности создания более сложных вещи, используя простые составляющие. Обследуя боевые локации и побеждая боссов, игрок находит рецепты, с помощью которых можно создать из природных веществ (руды, древесины, растений и т.п) более сложные предметы, а затем с их помощью улучшать оружие и комплекты брони, варить более эффективные лечебные зелья, создавать более разрушительные бомбы.

В отличие от большинства остальных JRPG, для развития персонажей отсутствует система накопления опыт и повышения уровней. В Mana Khemia представлена так называемая «книга роста». Она представляет собой сетку из соединённых между собой ячеек, которые можно поочерёдно активировать, расходуя определённое кол-во очков AP, зарабатываемых за победу в битвах. С активацией новых ячеек герой повышает характеристики или выучивает новые навыки и пассивные способности. Нечто подобное было в Final Fantasy X, однако здесь ячейки нужно ещё открывать, создавая с помощью алхимии новые предметы и экземпляры оружия и брони.

Музыкальное сопровождение

Музыка для игры была сочинена штатными композиторами Gust Кэном Накагавой и Дайсукэ Ативой. 30 марта 2007 в Японии было выпущено двух-дисковое собрание всех композиций игры. Для игры было записано несколько вокальных треков.

Песня во вступительном ролике

• Run For Your Life (Держись за свою жизнь!), исполненная Харукой Симоцуки

• 夢の未来へ~合唱版~ (Юмэ но мирай э ~Гассё: бан~, К осуществлению мечты! (хоровая версия)), записанная сотрудниками Gust
• シリウス (Сириус), исполненная японской поп-певицей Marie
• ねぇ (Нэ:, Эй!), исполненная Marie
• STIGMATA (Стигмата), исполненная Норико Митосэ

• TOGGLE (Переключатель), исполненная Юки Мидзусавой

Mana Khemia: Student Alliance

25 сентября 2008 года в Японии вышел порт игры на PSP под названием Mana-Khemia Gakuen no Renkinjutsushi-tachi Plus. 10 марта 2009 игра была локализована в Северной Америке, и название было изменено на Mana Khemia: Student Alliance. Главным дополнением стала возможность играть в кооперативе с другим игроком, вместе проходить задания и получать новые предметы и рецепты, которых не было в оригинале на PS2. Претензии критиков по поводу подтормаживания игры были устранены, но для этого необходимо предустановить игру на карточку PSP.2012

Отзывы и критика

Игра была встречена довольно прохладно. За первые семь недель в Японии было продано всего 40 000 копий игры. На сайтах-агрегаторах GameRankings и Metacritic были выставлены оценки 71,18 % и 69/100 соответственно. В целом критики положительно оценили боевую систему и алхимический синтез, но к остальным аспектам игры предъявили серьёзные претензии. Рецензент 1UP охарактеризовал игру как «Гарри Поттера в стиле аниме», он также с сожалением отметил, что игра с таким ярким геймплеем имеет слишком банальный сюжет, шаблонных персонажей и устаревшую графику. Обозреватель IGN пожаловался на очень низкую сложность игры и периодические «подвисания», в заключение добавив, что в игре есть хорошие идеи, но они загублены слабой реализацией. Однако же журналист из Gamespot, напротив, похвалил игру за лёгкость восприятия и обилие юмора, хотя и был недоволен звуковым сопровождением и качеством озвучки.