Союзники

• Адмирал Хакет — возглавляет постройку и защиту «Горна», является Командующим галактическим флотом, а также указывает цели, которые необходимо будет выполнить Шепарду для продвижения по сюжетной линии.
• Миранда Лоусон — покинула ряды «Цербера» и скрывается от него. Пытается помешать своему отцу. Может погибнуть на Горизонте от руки Кай Лена, иначе убивает своего отца (Может умереть сама от полученных ранений, а может и не умереть). Если Шепард-мужчина завёл с ней романтические отношения в Mass Effect 2, то он может их продолжить. Если Миранда погибла в Mass Effect 2, её заменяет её сестра Ориана.
• Джейкоб Тейлор — ушёл от «Цербера» вместе с группой учёных, в дальнейшем отправляется строить «Горн». Женат и ожидает ребёнка, так что продолжение романа с ним для Шепарда-женщины невозможно.
• Мордин Солус — Работает на кроганов и пытается создать лекарство от генофага. Может погибнуть на Тучанке, если дать ему излечить генофаг, если излечение саботировать, то его можно уговорить присоединяется к проекту «Горн», в противном случае Шепард может его застрелить. Если Мордин погиб в Mass Effect 2, его заменит Падок Викс.
• Тейн Криос — проживает свои последние дни в медицинском центре на Цитадели. Погибает от ранений полученных в поединке с Кай Леном во время атаки на Цитадель. Если Шепард-женщина завела с ним романтические отношения в Mass Effect 2, то она может их продолжить до смерти Тейна. Если Тейн погиб в Mass Effect 2 его роль в поединке с Кай Леном заменяет майор Киррахе с тем же результатом. Если и Тейн, и Киррахе погибли в предыдущих играх, Кай Лен убивает саларианского советника.
• Джек — стала учителем в академии для биотиков. Если была лояльна и Шепард к ней хорошо относился, остаётся жива и вместе с учениками отправляется на войну. Если слишком долго не обращать внимания на задание, в котором она появляется, поступает сообщение, что академия уничтожена. В миссии атаки на базу «Цербера» её приходится убить (если академию не спасли), так как она изменена и подчинена учёными «Цербера». Если Шепард-мужчина завёл с ней отошения в Mass Effect 2, то он может их продолжить. Если Джек погибла в Mass Effect 2, её заменяет Джейсон Прэнгли, который погибает в конце миссии (если Джек жива, он выживет).
• Джефф «Джокер» Моро — по прежнему остается пилотом «Нормандии». Пытается завести романтические отношения с СУЗИ, в чём ему может помочь игрок.
• Легион — был захвачен гетами-еретиками, жертвует собой ради гетов, либо погибает на Раннохе от рук Шепарда и Тали. Если Вы отдали его «Церберу» во второй части, он появится в качестве врага на базе «Цербера». Если Легион погиб в Mass Effect 2, то его заменяет ВИ созданный на его основе, но в этом случае мир между кварианцами и гетами невозможен.
• Самара — ищет двух своих дочерей в монастыре для Ардат-Якши, в дальнейшем отправляется на войну. Может совершить самоубийство.
• Касуми Гото — расследует дело предателя-ханара на Цитадели. Может погибнуть, если не была лояльна в Mass Effect 2, иначе отправляется строить «Горн».
• Заид Массани — продолжает деятельность наёмника. Может погибнуть, если не был лоялен в Mass Effect 2, иначе отправляется на войну.
• Урднот Грюнт — командует отрядом элитных бойцов армии кроганов. В миссии на Тучанке командует отрядом кроганов и может погибнуть во время операции, если Грант не был лоялен в Mass Effect 2 и Шепард решил спасти рахни. Если Вы отдали его «Церберу» во второй части, его останки можно обнаружить на базе «Цербера». Если Грант погиб в Mass Effect 2, его заменяет Урднот Дагг.