Корабли делятся на шесть классов, в зависимости от своего номинального размера. Первые два (разведчик и фрегат) доступны для строительства изначально на любой планете; два следующих (крейсер и линкор) по размеру требуют для возведения наличия звездной базы; наконец, самые крупные корабли (титан и «Звезда смерти»-doomstar) будут доступны только после изучения соответствующих технологий. Также специализированные небоевые корабли теперь являются отдельными (в первой они были модулями, добавляемыми в корабли обычной конструкции): колониальный корабль, десантный транспорт и грузовое судно.

В отличие от первой игры, теперь не обязательно сохранять конструкцию корабля для содержания самих кораблей этого класса. Также можно постоянно улучшать существующие корабли новыми технологиями. Новейший патч также позволяет улучшать корабли используя существующую схему (раннее приходилось самостоятельно менять компоненты каждого улучшаемого корабля).

Дипломатия

Реализация дипломатических отношений MoO оставалась одной из лучших среди компьютерных игр того времени. Значительно увеличилось число дипломатических договоров, которые можно заключать между расами.

Как и в предыдущей части игры, отношения двух империй на экране дипломатии отражены индикатором.

Ведение войны

Как и в Master of Orion I, ведение войны в игре сводится к двум видам боёв — космическим и наземным.

Ведение боя в космосе отличается от первой игры в основном тем, что корабли одного типа теперь не сгруппированы в один юнит, который никак невозможно разделить на отдельные корабли, что даёт игроку с большим количеством кораблей возможность окружить врага, так как большинство орудий установлены впереди кораблей. Защита планет также стала более разнообразной. Если раньше у планет имелись только ракеты, теперь на них можно строить (как здания) ещё и лучевые установки, энергетические щиты, эскадроны истребителей и мощную плазменную пушку под названием Звёздный Конвертер, способную разнести в пыль многие корабли с одного выстрела.

Другим новшеством является возможность брать корабли противника на абордаж. Корабли могут быть захвачены при нескольких условиях. Для захвата подвижного корабля необходимо использовать либо десантные шаттлы, либо телепорты (у врага не должны работать щиты). Если же этих устройств нет, нужно повредить двигатель корабля и пристыковаться к нему. После успешного захвата корабль бездействует до конца боя, за исключением захвата корабля элерианцами. Если этот корабль впоследствии разобрать на части, то есть возможность узнать технологии, использованные в его постройке.

Наземные бои существенно изменены — если раньше в бою участвовало всё население планеты (которое в случае победы врага полностью уничтожалось), то теперь этим занимаются специальные юниты; всего существует 3 вида юнитов — ополченцы, пехота и танки (танки впоследствии можно заменить боевыми роботами); для производства пехоты и танков требуются специальные казармы. Юниты производятся автоматически, максимальное их число на планете зависит от её населения. Для атаки планеты требуются специальные транспортные корабли, которые после достижения цели расформировываются. Кроме того, расы со свойством Telepatic могут подчинять себе население планеты без нападения на неё (для этого необходим корабль размера не менее крейсера). Если в атакующем флоте есть корабль со Звёздным Конвертером, то планету можно физически уничтожить, оставив лишь астероидный пояс. Также, если в бомбардировке планеты используется биологическое оружие, то отношение других империй к Вашей ухудшается (видимо, постоянное применение ядерного оружия не считается таким уж злодейским как биологического).