Вражеская база состоит из трёх зданий, поделённых на несколько этажей (включая подвалы). Для доступа к новым зонам игрок использует ключ-карты. Каждая дверь открывается только одной определённой картой. Различная информация может быть получена от освобождённых заложников. После освобождения пяти заложников игрок получает прибавку в ранге на одну звезду (максимально можно получить четыре звезды), тем самым увеличивая грузоподъёмность и максимальное здоровье. В случае гибели заложника ранг игрока снижается.

По радиопередатчику главный герой может связываться со своим командиром Биг Боссом и с членами сопротивления, действующими вблизи Outer Heaven: Шнейдером, Дианой и Дженнифер. Каждый из союзников Снейка специализируется в определённой тематике: Биг Босс предоставляет информацию об оружии и предметах, Шнейдер многое знает о планировке крепости, а Диана знает о слабостях многих боссов. Игрок должен запомнить радиочастоты союзников, чтобы он мог в дальнейшем с ними связаться. Содержание радиосообщений зависит от того, в какой комнате находится игрок.

Сюжет

Персонажи

Игрок выступает в роли Солида Снейка, новичка отряда сил специального назначения FOXHOUND, посланного на своё первое задание. По радио с ним связывается его командир Биг Босс, предоставляющий информацию о целях миссии и предметах. Также с главным героем на связь выходят и другие персонажи:

• Кайл Шнейдер, лидер местного сопротивления, рассказывающий об окружающей обстановке и полезных предметах.
• Диана, подсказывающая, как победить боссов.
• Дженнифер, внутренний агент, помогающая Снейку.

Помимо прочих заложников Снейк освобождает Грей Фокса, агента FOXHOUND, который во время предыдущей миссии был взят в плен. Вместе с Фоксом были также захвачены доктор Петрович (в поздних версиях — Петрович Мандар), учёный, разработавший новейшее оружие Metal Gear, и его дочь Эллен.

Во время игры Снейку предстоит схватиться с наёмниками из Outer Heaven, в число которых входят:

• Шут Ганнер (Shoot Gunner, в поздних версиях Shotmaker), бывший агент российского спецназа.
• Машинган Кид (Machine Gun Kid), бывший оперативник SAS, вооружённый пулемётом.
• Файр Трупер (Fire Trooper), бывший член подразделения GSG 9, огнемётчик.
• Коуард Дак (Coward Duck), террорист, атакующий бумерангом и прикрывающийся заложниками.
• Арнольд (в поздних версиях Bloody Brad), андроид, созданный Петровичем.

История

1995 год. В 200-х километрах к северу от Гальцбурга, в Южной Африке, расположено Outer Heaven, укреплённое государство, основанное «легендарным наёмником». До западного мира дошла информация, что в глубине этой крепости разрабатывается оружие массового поражения. Правительство США отдаёт элитному спецподразделению FOXHOUND приказ проникнуть в Outer Heaven, провести разведку и, при необходимости, ликвидировать угрозу. Миссия была доверена Грей Фоксу (Grеy Fox, в последующих играх серии Gray Fox), одному из лучших оперативников FOXHOUND. Однако через несколько дней контакт с Фоксом был потерян, а его последнее сообщение состояло всего из двух слов: «METAL GEAR…». Тогда лидер FOXHOUND Биг Босс посылает новичка Солида Снейка с миссией освободить Грей Фокса и завершить его миссию, имеющую название «Операция: Вторжение № 313».

Успешно проникнув в Outer Heaven, Снейк налаживает контакт с членами местного сопротивления: Шнейдером, Дианой и Дженнифер. Используя все свои навыки и найденную экипировку, Снейк освобождает Фокса и узнаёт от него, что Metal Gear — кодовое наименование двуногого танка, снабжённого ядерными боеголовками и способного осуществить ядерный удар из любой точки планеты. И Outer Heaven, имея у себя такое оружие, собирается стать новой мировой сверхдержавой.