Компонент многопользовательского режима игры, названный Metal Gear Online, включает в себя пять игровых режимов, в каждом могут участвовать до восьми игроков. Каждый игрок управляет простым солдатом и сражается с соперниками в режиме Deathmatch или Захват флага. Локации, предметы, пути передвижения и боевые единицы (солдаты КГБ, ГРУ и члены отряда «Оцелот») заимствованы из основной игры. В зависимости от настроек сервера игрок, набравший наибольшее количество очков, сможет сыграть за одного из главных персонажей (либо за Рэйко Хиномото из игры Rumble Roses), что даст ему уникальные способности и/или экипировку. Например, если игрок из команды ГРУ наберёт наибольшее число очков в одном раунде, то в следующем раунде он может сыграть за лидера ГРУ майора Райкова. Японский онлайн-сервис от компании Konami, поддерживавший данный режим, был закрыт 26 декабря 2006 года, в Северной Америке аналогичный сервис закрыли 2 апреля 2007 года, а в Европе — 30 октября 2007 года. В настоящее время существует онлайн-сообщество под названием Save MGO, занимающееся восстановлением Metal Gear Online.

Помимо наличия старых игр и онлайн-режима, игра Subsistence претерпела множество незначительных изменений по сравнению с международными версиями. Сюда относятся: доступный для скачивания дополнительный камуфляж и раскраска, уровни для режима Snake vs. Monkey, ранее вошедшие только в эксклюзивную европейскую версию игры, уровень сложности «European Extreme», пародийные видеоролики и трейлеры с официального веб-сайта, а также подключение к игре Metal Gear Acid 2. В японской версии Subsistence также можно обнаружить адрес сайта, где есть возможность скачать программу-часы «OtaClock», в которой фигурирует персонаж Отакон. В настоящее время сайт открыт для публичного доступа.

В ограниченное издание игры Subsistence был включён полнометражный фильм под названием Existence, смонтированный из игрового видео. Его длительность составила 3,5 часа, в него также вошли некоторые дополнительные сцены, был улучшен звук. В Северной Америке ограниченное издание поставлялось только покупателям, предварительно заказавшим игру до её официального выхода. А в Европе это издание, состоящее из 3-х дисков, сразу вышло в регулярные продажи, что было связано с длительной задержкой релиза игры.

Бонусный документальный фильм под названием Metal Gear Saga Vol. 1 поставлялся в комплекте предварительного заказа игры Subsistence в Северной Америке, а также вместе с Platinum-изданием игры Snake Eater, вышедшим в Германии 23 марта 2006 года. 30-минутный фильм состоит из пяти частей и рассказывает обо всей серии Metal Gear, попутно ведётся интервью с Хидэо Кодзимой. В фильме также показаны трейлеры последних игр серии.

Metal Gear Solid: Snake Eater 3D

На выставке Electronic Entertainment Expo, прошедшей в 2010 году, компания Konami показала демонстрационный ролик под названием Metal Gear Solid 3D: Snake Eater – The Naked Sample. Название «The Naked Sample» означало, что это просто программный образец для системы Nintendo 3DS, не предвещавший выхода игры. Хидэо Кодзима сообщил, что если будет начата разработка игры Metal Gear для 3DS, то в неё войдут некоторые элементы из игры Metal Gear Solid: Peace Walker, например поддержка совместной игры. Позднее Konami анонсировала выход игры Metal Gear для консоли 3DS, которая была впервые показана на Nintendo World 2011 под названием Metal Gear Solid: Snake Eater 3D. Konami назвала датой официального выхода игры в Японии и Европе 8 марта 2012 года. В Северной Америке игра вышла 21 февраля 2012 года.