На GameSpot, где игра получила 8.7/10, отмечалось, что игра «очень кинематографична и является успешным достижением, о котором поклонники будут помнить даже тогда, когда более поздние игры уже забудутся». По мнению критика, игровой процесс, несмотря на смену сеттинга, в целом не изменился. Обозреватель особо отметил игровой юмор, который «понравится преданным фанатам и при этом не отвлечёт игрока от основного сюжета», а также счёл забавным то, что в игре можно поедать растения и живность. Вместе с тем он сравнил Еву с «девушкой Бонда». Были обозначены сильные стороны, к которым рецензент отнёс сюжетную линию, «запоминающихся» персонажей, «феноменальную» графику, звуковое оформление и открытый геймплей; в качестве слабых сторон были указаны «слишком длинные» экспозиции и «нескладное» управление, «к которому придётся привыкнуть».

Обозреватель сайта GameSpy Бенджамин Тёрнер положительно отозвался об игре, назвав её «вероятно, лучшей игрой во всей серии Metal Gear на текущий момент». Одновременно с этим была раскритикована необходимость постоянного переключения вида от третьего лица к виду от первого. На сайте Eurogamer игру назвали «неизменно лучшей игрой по сравнению с MGS2: Sons of Liberty». Обозреватель сказал, что благодаря режиссёрскому таланту Кодзимы было создано впечатляющее и запоминающееся приключение, наполненное яркими персонажами. В сравнении с предыдущими играми Metal Gear Solid геймплей смотрится совершенно по-новому и может быть довольно разнообразен. По аналогии с GameSpot было отмечено сходство персонажей игры с героями фильмов о Джеймсе Бонде. Недостатком рецензент назвал «неудачную» игровую механику.

Российский журнал «Страна игр» поставил Metal Gear Solid 3: Snake Eater 10 баллов и назвал лучшей игрой 2005 года. Рецензентом журнала Виталием Алексашиным была особо отмечена стилизация, благодаря которой создаётся «неповторимая вязкая атмосфера». В обзоре сайта Old-Games.RU в качестве сильных сторон были обозначены созданные на движке игры видеовставки и озвучка, не уступающая визуальному ряду. В заключении отмечалось, что «MGS3 — одна из самых красивых игр на PS2».

Относительно системы камуфляжа в игре мнения критиков разошлись. Журнал Edge высказал мнение, что «благодаря подобной системе можно с лёгкостью остаться незамеченным противниками, даже подойдя к ним слишком близко», в то время как GameSpy раскритиковал данную систему, сказав, что «это всего лишь цифра на экране, которая никому не интересна». Среди целого ряда новых свойств GameSpot назвал камуфляж «наиболее важным и прекрасно реализованным». Игра подверглась критике за низкую частоту кадров, равную 30 кадрам в секунду (в Sons of Liberty это значение было 60 кадров в секунду).

Игровые видеоролики в Snake Eater были названы журналом Edge «интересными, запоминающимися и прекрасно снятыми». При этом в нём же были раскритикованы сценарий игры и озвучка Снейка Дэвидом Хейтером; согласно заключению журнала, речь актёра «не дотягивает даже до стандартов других игр, не говоря уже о кино». На GameSpot отметили, что юмор в игре «пострадал из-за перевода с японского языка и может приглянуться только преданным поклонникам игры».

О Subsistence

Игра Subsistence заслужила значительно больше одобрительных отзывов, нежели оригинальная Snake Eater; оценка на Metacritic составила 94 %. Обозреватели отметили, что использование в игре 3D-камеры «устранило единственную и главную проблему» и придало игровому процессу «больше свободы и реалистичности». Многопользовательский режим был признан «впечатляющим для PS2-игры», хотя одновременно с этим отмечалось, что «отличительные черты сеттинга MGS3 не полностью подходят для онлайн-игр». В декабре 2006 года Subsistence получила награду «Лучшая онлайн-игра» от IGN. Продажи этого издания игры составили около 1 000 000 копий по всему миру.

Обозреватель IGN Джефф Хейнс положительно отозвался о включении в игру режима «Демо-театр», благодаря которому игрок может не только просматривать кат-сцены из игры, но и менять костюм Снейку при каждом новом просмотре. Также им были благоприятно отмечены новые варианты маскировки. Рецензент подытожил, что даже игроки, не преуспевшие в оригинальной Snake Eater, не ошибутся с выбором Subsistence. Оценка игры составила 9.8/10.

В обзоре «Страны игр» говорилось, что благодаря большому количеству бонусов и дополнений Subsistence вполне может считаться самостоятельной игрой. Обозреватель похвалил введение в игру свободной камеры, упрощающей возможность обзора и делающей бои с боссами «более зрелищными и увлекательными». Критике подверглись сетевой режим игры и ошибки в русскоязычных словосочетаниях, которые в Subsistence так и не были исправлены.

О Snake Eater 3D

Оценка игры Snake Eater 3D на Metacritic составила 78 %, всего было сделано 46 обзоров. На сайте Game Rankings на основании 32 рецензий игра получила общий балл 78,37 %. Критиком Ричардом Джорджем из IGN было отмечено, что портированная версия оригинальной игры не лишена недостатков из-за технических ограничений портативной консоли. По словам обозревателя, камера, несмотря на полную управляемость, всё же мешает процессу игры. Несмотря на замечания, рецензент посчитал данную версию «замечательной» консольной игрой, достойной внимания. Оценка составила 8,5/10.

На сайте GameSpot игра была оценена в 8,0/10. Питер Браун заявил, что игра Snake Eater 3D в точности воссоздаёт оригинал и помимо этого содержит множество улучшений. К достоинствам были отнесены удобное управление, наличие 3D-камеры и кинематографичность; к недостаткам — периодически возникающие проблемы с частотой кадров, а также преобладание внутриигровых сцен в первой половине игры.

Награды

С момента выпуска в 2004 году игра получила множество наград. Среди наиболее заметных выделяются «Лучшая экшн-игра», «Лучший сценарий», «Лучший звук для PS2», данные сайтом IGN, а также «Лучшая игра 2004 года», «Лучший сюжет», «Лучшие звуковые эффекты» от Gamespot.

На конференции разработчиков игр, прошедшей в августе 2005 года, музыкальная тема игры была удостоена награды «Best Original Vocal Song - Pop» от Game Audio Network Guild. В том же году игра получила приз «Best PS2 Game». Дэвид Хейтер был номинирован на премию Academy of Interactive Arts and Sciences за «выдающиеся успехи в озвучке персонажа».