После выхода игры Metal Gear Solid 3: Snake Eater Хидэо Кодзима сообщил, что оставляет должность руководителя проекта Metal Gear, и Metal Gear Solid 4 будет разрабатываться под руководством другого человека. В качестве шутки новым руководителем был назван Алан Смити, а затем было сообщено, что на должность был назначен Сюё Мурата, соавтор MGS3 и создатель игры Zone of the Enders: The 2nd Runner. Он также создавал пасхальные яйца в играх Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty и Metal Gear: Ghost Babel. После негативной реакции поклонников серии появилась информация о том, что Кодзима будет руководить созданием игры вместе с Муратой.

В январе 2008 года проект, по заявлению разработчиков, был практически завершён и перешёл на стадию бета-тестирования. 26 февраля 2008 года компания Sony анонсировала, что игра MGS4 в специальном издании будет выпущена 12 июня 2008 года для рынков всего мира.

Было заявлено, что Guns of the Patriots — первая игра на PlayStation 3, занимающая 50 ГБ на диске Blu-ray Disc даже с учётом применённого сжатия файлов.

На начальных стадиях разработки Кодзимой была задумана концовка, в которой Снейк и Отакон становятся преступниками и впоследствии приговариваются к смертной казни; идея была отвергнута остальными разработчиками.

Патч

В августе 2009 года, отвечая на вопрос о том, будет ли выпущен трофейный патч для сервиса PlayStation Network, сотрудник Kojima Productions Шон Айстоун попросил «проявить терпение». Это высказывание дало основание полагать, что в состав обновлённой версии игры войдёт патч, открывающий вознаграждение за достижения. 3 ноября 2010 года был издан сборник арта MGS4 «Greatest Hits», в правом верхнем углу которого была надпись «Trophies» (Трофеи). Однако затем было сказано, что это опечатка, и в последующих печатных изданиях надпись больше не появлялась. Часто (обычно в Интернете) появлялись ложные сообщения о скором выходе трофейного патча. Тем не менее, 11 июля 2012 года был анонсирован патч, включающий в игру награждения за достижения. Патч был выпущен 6 августа 2012 года. Кроме трофеев патч позволял осуществить полную инсталляцию игры на жёсткий диск, тем самым убрав загрузки между актами.

Музыка

Музыкальное сопровождение к оригинальной игре создавалось Гарри Грегсон-Уильямсом (это был его третий саундтрек для серии Metal Gear Solid) и Нобуко Тодой, создателем музыки для игр Metal Gear Acid и Metal Gear Acid 2. Также в создании саундтрека принимали участие сотрудники компании Konami Сюити Кобори, Кадзума Дзинноти, Акихиро Хонда и Сота Фудзимори. На более поздних стадиях разработки игры к проекту присоединились сотрудники GEM Impact Ёситака Судзуки и Идзутани; их работа велась под руководством Хибино. В интервью Хибино сообщил, что композиторы написали в общей сложности 90 минут музыки для игровых сцен, однако в саундтрек вошли только 15 минут всего материала.

Для игры было создано две основные музыкальные темы. Открывающая песня «Love Theme» была создана Нобуко Тодой, а прозвучала в исполнении Джеки Прести. Закрывающая тема «Here's to You» была исполнена Лизбет Скотт. До официального выхода игры была создана песня «MGS4 - Theme of Love - Smash Bros. Brawl Version», ранее предназначавшаяся для включения в Super Smash Bros. Brawl (уровень Шэдоу Мозес). Композиция «Metal Gear Solid Main Theme» в саундтрек не вошла. В интервью Electronic Gaming Monthly Норихико Хибино сообщил, что у компании возникли сложности с «российскими композиторами, посчитавшими, что эта музыкальная тема была украдена»; он описал случай, в котором группа российских журналистов представила Хидэо Кодзиме композицию Георгия Свиридова и обвинила разработчиков в плагиате. Хибино подчеркнул, что «на самом деле они ничего такого не делали», и тем не менее компания «с пониманием отнеслась к ситуации» и приняла решение исключить музыку из игры.