В игре есть несколько действий, которые можно осуществить, когда два игрока находятся рядом друг с другом. «Snake-in» позволяет игрокам держаться друг за друга так, чтобы один мог двигаться вперёд, а другой в это время стрелял. К другим совместным действиям относятся удерживание закрывающейся двери, процедура СЛР, обмен предметами и корректировка снайперского огня. В игре задействованы некоторые элементы из Metal Gear Solid 4, например способность двигаться в приседе, вид стрельбы через плечо, боевая система CQC и способность обыскивать поднятых на руки солдат. Грузовик из Portable Ops, куда игроки могли принести оглушённых врагов для последующей вербовки, был заменён на «Fulton Skyhook», который игроки надевают на оглушённых солдат и узников. Система найма по Wi-Fi из Portable Ops была усовершенствована, и теперь вместо многократного нажатия на кнопку для получения хорошего сигнала в нужных местах игроку достаточно нокаутировать вражеского солдата, чтобы призвать его на свою сторону. Маскирующая картонная коробка теперь доступна для использования сразу двумя людьми. Индикатор окружения из Portable Ops может быть использован только будучи экипированным. Кроме того, игрокам доступна ранняя версия радара Солитон из Metal Gear Solid. В игре присутствует показатель незаметности из Snake Eater, однако игрок не может менять камуфляжную форму во время миссий. Показатель зависит от движения, текущей позиции и объёма снаряжённого оружия. Игрок также может использовать устройства для маркировки, чтобы вызывать огонь артиллерии или запрашивать снабжение.

В нескольких внутриигровых сценах от игрока требуется нажатие определённых кнопок. При правильном нажатии по окончании миссии игрок получает более высокий рейтинг.

Система управления персоналом, ранее задействованная в игре Portable Ops, в оригинальной игре имеет название Mother Base — это заброшенная исследовательская платформа в Карибском море, выполняющая роль штаба. Помимо управления боевыми, медицинскими, разведывательными и исследовательскими отрядами игрок может назначить персонал на работу в столовую, чтобы кормить солдат, поднимая их боевой дух. Взбунтовавшегося или раненого бойца можно направить на бриг и в лазарет соответственно. Игрок также имеет возможность захватывать боевые машины, которые в игре исполняют роль промежуточных боссов: бронетранспортёры, танки и боевые вертолёты. Всего может быть нанято до 350 солдат и 50 машин; избыточный состав, захваченный во время миссии, должен быть распущен.

Ролики в игре выполнены в стиле «движущихся комиксов» — точно так же были оформлены видеовставки в игре Metal Gear Solid: Portable Ops.

Outer Ops

Outer Ops — новая игровая механика, где игроки могут дислоцировать свои боевые единицы (исключение составляют Снейк и другие уникальные персонажи), направляя их против компьютерного противника. Каждый штурмовой отряд (от Alpha до Hotel) может состоять не более чем из 8-ми единиц; солдаты способны получать боевые бонусы, например дополнительные очки жизни и морали, и генерировать их для распределения в команде. В зависимости от вражеского показателя огня поверженные солдаты либо погибают, либо отправляются в госпиталь на лечение. Повреждённые машины могут быть отправлены на ремонт, а непригодные к использованию вычёркиваются из инвентаря.

Extra Ops