Снейк подвергается пыткам со стороны Стренджлав, расспрашивающей его об идеалах Босса. Снейк молчит, но тем самым невольно даёт ей нужные ответы. Позднее ему удаётся покинуть камеру, воспользовавшись картой Стренджлав, и добраться до ангара, где он видит Паз, попавшую в руки Колдмана. Колдман намеревается испытать «Peace Walker», нанеся ядерный удар по базе MSF. Peace Walker поднимается на поверхность, Снейк вступает в схватку. После недолгого боя Колдману вместе с Паз и Стренджлав удаётся сбежать. Снейк преследует Колдмана на лошади Босса. На границе с Никарагуа лошадь выдыхается, и Снейк вынужден усыпить её.

Часть 4: Иллюзия мира

Полный решимости спасти Паз, Снейк преследует Peace Walker и достигает американской ракетной базы близ озера Никарагуа. Внутри он обнаруживает советских солдат. Снейк с боем двигается в коммуникационную башню и сталкивается с Колдманом, готовым нанести ядерный удар. Колдман говорит, что хотя система «Peace Walker» является защитной, благодаря вводу ложных данных она способна выбрать штаб MSF в качестве цели для ответного удара.

Перед тем как Колдман успевает ввести код запуска, советские солдаты неожиданно направляют оружие на него. Появляется Галвез и признаётся, что на самом деле он — сотрудник КГБ Владимир Задорнов. Он объясняет, что всего лишь использовал Колдмана в своих целях, а затем приказывает Стренджлав выбрать Кубу (страну-союзницу СССР) в качестве цели для ядерного удара, рассчитывая в конечном итоге усилить влияние КГБ. Задорнов также рассказывает, что нанял отряд MSF для того, чтобы сандинисты смогли стать мощной силой, способной осуществить революцию и свергнуть правительство Сомоза. После этого он тяжело ранит Колдмана и пытается убить Снейка. Сандинисты и отряд MSF побеждают в бою с советскими войсками и захватывают Задорнова. Стренджлав извиняется перед Снейком за пытки, а Задорнов, Паз и Колдман летят на Mother Base.

Перед смертью Колдман вводит код активации Peace Walker, целью которого по-прежнему является Куба; однако вместе с тем он посылает ложные данные в систему NORAD, и Peace Walker готовится произвести две атаки: реальную на СССР и ложную на США. Из-за отсутствия на месте президента и вице-президента NORAD инициирует сигнал тревоги DEFCON 2. Хью настоятельно просит Снейка уничтожить Peace Walker. Снейк останавливает запуск ракет, однако передача ложной информации продолжается. Штаты по-прежнему готовы нанести ответный ядерный удар, и Хью призывает Снейка связаться с Национальным военным командным центром, чтобы убедить председателя ОКНШ отменить запуск. Однако некоторые члены комитета не верят Снейку и готовятся произвести запуск.

После битвы Peace Walker тонет в озере. Снейк смиряется со своим прошлым, однако чувствует, что Босс предала его. Он выбрасывает её старую бандану и окончательно принимает титул «Биг Босс».

Часть 5: Внешние Небеса

Стренджлав присоединяется к MSF и вместе с Хью работает над проектом Metal Gear Zeke — роботом, снаряжённым ядерным оружием и контролируемым искусственным интеллектом. Задорнову несколько раз удаётся сбежать, однако Снейк каждый раз ловит его. После седьмой попытки побега Биг Босс видит Задорнова на расстоянии выстрела и убивает его в целях самообороны. Миллер сообщает Снейку о том, что Zeke был активирован.

Паз признаётся в том, что её зовут Пасифика Оушн, и что она агент Сайфера. Она собирается запустить ядерную ракету на Восточное побережье США, а затем выставить MSF как террористическую группировку, ответственную за атаку. Снейк уничтожает Zeke, Паз предупреждает его, что в конце концов о нём будут думать как о международном преступнике. Zeke детонирует, взрывная волна выбрасывает Паз за борт. Биг Босс подозревает, что она могла выжить.