Вторая версия случается, если игрок согласится помочь ЭФЖам изменить будущее. Для этого, игроку необходимо победить «Дхарму» на подходе «Лексингтона» и «Джерико» к Персефоне. Вернувшись в прошлое, игрок всё ещё имеет воспоминания о первом будущем и убеждает командора Дэйну позволить ему использовать Хайп чтобы уничтожить крейсер ООН. После его уничтожения, «Джерико» продолжает своё задание. Технологии инопланетян найденные на Персефоне позволяют Альянсу изменить ход войны и победить силы ООН. Закон об ограничении технологий отменён. ЭФЖи всё ещё созданы (на этот раз вполне легально) и приняты человечеством на праве разумных существ. В конце концов, Земли больше нет — её место заняла Сфера Дайсона, построенная обоими расами. Человечество живёт на внутренней стороне (воздух всё-таки нужен), а ЭФЖи на внешней. Всё выглядит идеально, но ЭФЖи быстро эволюционируют. В конце концов, они оставят людей и уйдут.

Игроку предстоит решать, будет первая версия будущего изменена или нет.

Стиль игры

«Mission Critical» совмещает в себе несколько различных игровых элементов, включая большое количество традиционных «объектных задач», дедукция предыстории в стиле «Myst» используя обрывки улик на корабле, парочка «логических задач», глубокие разговоры с несколькими персонажами и (что возможно уникально для квестов) мини-стратегию в реальном времени, в которой игрок должен оборонять корабль от двух сложных волн вражеских кораблей. Некоторые задачи идут «на время», но времени даётся вагон, но не даётся лёгкого способа чтобы узнать сколько времени прошло.

В отличие от некоторых других квестов, мини-стратегия отработана довольно хорошо. Её можно даже считать отдельной игрой. Игрок управляет битвой с помощью тактического компьютерного интерфейса в рубке корабля. Также игра имеет установитель сложности битв (на самом низком уровне, битвы выигрываются сами собой, если игрок желает сосредоточиться на самом квесте) и регулятор скорости стратегии.

Прежде чем приступать к битве, игроку следует пройти через несколько этапов. Во-первых, сначала нужно получить доступ к тактической системе корабля, так как старшему лейтенанту (звание игрока) работающему на складе корабля нет дела до боевых систем. Затем следует модифицировать системы для управления единственным членом экипажа, и, наконец, пройти курс подготовки в качестве тренировочных заданий (эти можно пропустить при желании, но не рекомендуется). Эти задания обучают игрока управлением корабля и зондов, а также различным тактическим приёмам космических битв. Настоящие атаки на игрока происходят обычно когда игрок находится далеко от рубки, и затем должен быстро всё бросать и бежать туда. Это добавляет к напряжению игры.

Чувство физической реальности и деталей довольно точно, гораздо больше чем обычные игры жанра. Например, палубы жилого модуля являются лишь малой частью корабля, большинство которого заполнено машинами. Сами машины представляют собой огромные топливные системы, реакторные и электрические туннели, оружейные отсеки и огромный ангар для приёма транспорта. Жилой модуль содержит всё что можно ожидать, включая индивидуальные каюты для экипажа из 20-25 человек, столовая с минимальной зоной развлечений, конференц-зал, лазарет, кабинка связи, склады и небольшая научная лаборатория. Из-за того что «Лексингтон» является фронтовым боевым кораблём в ситуации тотальной войны, лаборатория является единственной частью корабля которая не была модифицирована уже несколько десятилетий. В игре нет доступных санузлов, что довольно стандартно для жанра фантастики, но одна из кают на четвёртой палубе, в которую нельзя войти, описана как «вход в душ и туалет». Дизайнеры даже правильно ориентировали жилой модуль чтобы ускорение корабля воспринималось как искусственная гравитация от потолка в пол.

Графика

Большая часть игры состоит из хорошо сделанных трёхмерных предметов (весь корабль и несколько других местоположений), представленных в статических экранах с анимациями передвижения. Заставки являются отснятыми видео с живыми актёрами. Некоторые местоположения были, по-видимому, слишком сложными для трёхмерной обрисовки времён девяностых, поэтому они имеют смесь 3D и 2D анимации.

Звук

Игра использует стерео звук, где музыка является MIDI. Звуковые эффекты, голоса и музыка являются хорошим качеством.