Возвращение Шиннока

Во время своего пребывания в Нижнем Мире, Шиннок сплотил вокруг себя целую армию союзников, готовую отомстить за поражение своего лидера от рук Райдэна. С помощью замаскированных союзников в Земном Царстве и Внешнем Мире (Нуб Сайбота и Тани) Шиннок сбежал в недавно освобождённую Эдению и смог вернуться на небеса. Он похитил королеву Синдел и принцессу Китану во время захвата Эдении. Затем, будучи на Небесах, Шиннок нанёс настолько большой урон насколько смог, разрушив всё, что можно, а также убив нескольких Старших Богов и богов рангом ниже. Фуджин и Райдэн смогли сбежать на Землю, где они собрали группу бойцов, для участия в ещё одной битве за существование миров. После длинной и тяжёлой битвы Лю Кан смог победить Шиннока, снова став чемпионом Смертельной Битвы. Шиннок опять был сослан в Нижний Мир. Также в этом мире оказался и его ближайший союзник — колдун Куан Чи, который попал сюда вместе со Скорпионом, после того, как Скорпион наконец узнал, что настоящим убийцей его семьи и клана был не Саб-Зиро старший, а Куан Чи.

Смертельный Альянс

После долгого пребывания в Нижнем Мире, Куан Чи, смог сбежать через секретный портал, после чего он заключил союз с Шан Цзуном, предложив тому вместе править миром. Куан Чи создал огромный вихрь из душ (Солнадо) во дворце Шан Цзуна, с условием, что тот будет использовать часть душ для оживления солдат мумифицированной армии Короля Драконов. Вместе они атаковали Шао Кана, убив императора. Позже выяснилось, что они убили магического клона Кана, а сам правитель Внешнего Мира сбежал из дворца. Затем Смертельный Альянс прибыл на Землю, где Цзун при помощи Куан Чи убил Лю Кана, забрав душу чемпиона Смертельной Битвы. Райдэн снова собрал команду земных воинов для сражения с колдунами. Также в событиях участвовали вампирша Нитара, которая искала способ отделить свой мир от Внешнего Мира, и Ли Мэй, чья деревня была порабощена войсками Смертельного Альянса под предводительством Кано, Сайракс, чью человеческую сущность восстановили Соня и Джакс, и Кэнси, воин-мечник, ослеплённый по вине Шан Цзуна. Но Земные воины не смогли остановить колдунов и были убиты таркатанами.

Возвращение Короля Драконов

Преданный Шао Каном убитый Король Драконов начал тайно проводить в жизнь свой план по возвращению себе физического тела. Создав себе аватар на Земле, Онага явился перед молодым и талантливым воином Сюдзинко. Назвав себя посланником Старших Богов по имени Дамаши, Король Драконов поручил Сюдзинко собрать шесть орудий Старших Богов — Камидогу из различных миров — и поместить их на алтарь в Нексусе (Ядре) — специальном месте созданном для удобства перемещения Чемпиона Старших Богов. Как только последнее Камидогу оказалось на алтаре, последнее драконье яйцо раскололось и дух Онаги переместился в тело Рептилии сделав его тело своим. Онага затем забрал Камидогу из Нексуса, сказав Сюдзинко, что для их использования недостаёт «ключа», который может активировать силу орудий Старших Богов и дать их владельцу абсолютную власть. Между тем, Райдэн решил сразиться со Смертельным Альянсом в одиночку. Несмотря на все свои усилия Райдэн не смог одолеть мощь двух колдунов и был повержен. Шан Цзун и Куан Чи после победы над Райдэном начали сражаться друг с другом за контроль над амулетом. В схватке победил Куан Чи, но его триумф был недолгим. Во дворце появился Король Драконов. Куан Чи, вместе с Шан Цзуном и Райдэном попытались остановить Онагу, но всё было бесполезно. Когда Райдэн понял, что даже их совместных усилий недостаточно, он высвободил свою божественную сущность взорвав себя и весь дворец Цзуна. К сожалению акт самопожертвования Райдэна оказался напрасным — взрыв никак не повлиял на Короля Драконов и тот смог забрать амулет Шиннока себе. Онага продолжил своё дело по объединению всех миров в одну империю. По всей видимости Онагой манипулировала Единая Сущность. Сюдзинко, чувствуя на себе бремя ответственности за воскрешение монстра, решил исправить свою ошибку и собрать вокруг себя всех лучших воинов Земли и Внешнего Мира для того, чтобы сразиться с Королём Драконов. В то же время Скорпион был избран Чемпионом Старших Богов с целью остановить Онагу. В результате Сюдзинко смог победить Короля Драконов и уничтожить Камидогу при помощи своих союзников, а Найтвульф, прибыв в Преисподнюю, привязал душу Онаги к этому проклятому месту и таким образом покончил с его существованием во Внешнем Мире, попутно освободив Рептилию из-под его контроля.