Повысилась роль миникарты-радара, которая стала более точной и информативной. Миникарту можно увеличивать, уменьшать или полностью закрывать.

Сухопутные сражения

В сухопутных сражениях игрок командует армией конца XVIII — начала XIX века. Армия делится на отряды, максимальное число отрядов — двадцать. Каждое подразделение имеет свои преимущества, недостатки, стоимость обучения и общий уровень эффективности.

Подразделения имеют определённый моральный уровень, который может увеличиваться, если битва проходит удачно, или уменьшаться при тяжёлых потерях, гибели офицеров или в случае смерти генерала.

Морские сражения

В морских сражениях игроки могут управлять флотом до двадцати кораблей, различных по классу, размеру, вооружению, опыту и количеству экипажа. Экипаж каждого корабля имеет определённый моральный дух, увеличивающийся, если корабль и флот близки к победе. Экипаж может попытаться вывести судно с поля боя, если его моральный дух падает, а в крайних случаях корабль может сдаться противнику. Сражение выиграно, если все вражеские корабли или потоплены, или захвачены, или сдались, или ушли за пределы тактической карты. Игрок может вывести повреждённый корабль из боя и провести ремонт.

В ходе боя можно использовать различные виды артиллерийских снарядов, таких как картечь, книппели и стандартное ядро. В ходе морского боя могут быть попытки абордажа кораблей. Погодные условия могут серьёзно повлиять на исход сражения, например, плохая видимость ставит под угрозу безопасность всего флота. Также имеется возможность починки обшивки повреждённого корабля прямо во время боя. На время починки экипаж оставляет орудия и тушение пожара (если на корабле пожар), и корабль остаётся полностью беззащитным.

Система достижений

В игру Napoleon: Total War встроена система достижений (achievements), которая заключается в выполнении ряда заданий, преодолении определённых исторических поворотов, завоевании каких-либо территорий и т. д. Достижения активируются через игровую систему Steam. Всего в игре 71 достижениe. Заработанные достижения не дают никаких преимуществ при прохождении, они лишь отмечаются в сетевой статистике Steam. Например, победа в Европейской кампании за Российскую империю приносит достижение Звезда Российской империи. Завоевание Европы даёт достижение Императорский венец.

Ряд заданий подразумевает некую активность в процессе всей игры. Достижения получают игроки, заставившие свои армии и флоты пройти 50 000 миль (Знак Географического общества), совершившие 15 успешных убийств (Рука с кинжалом), потопившие 1000 кораблей (Гроза мореходов). Вознаграждаются и те, кто провёл в игре 50 часов (Всевидящее око командира), 30 часов (Знак дворцовой стражи) и 10 часов (Брошь бдительного часового).

Кампании

В игре есть традиционная для серии глобальная стратегическая карта, на которой основной целью фракции игрока является установление господства или завоевание определённых территорий в исторически достоверный срок. Кроме того, созданы сюжетные территориальные кампании, посвящённые важнейшим военным походам и политике наполеоновского времени. Действие этих кампаний происходит в разные временные периоды на независимых стратегических картах, как в игре Medieval II: Total War — Kingdoms.

Обучающая кампания (1778—1793)

Кампания рассказывает о ранних годах жизни Наполеона и о его восхождении к вершинам власти. В этой кампании обучение совмещено с рассказом об истории полководца, который ведёт близкий друг полководца, маршал Франции и глава штаба Наполеона Луи Александр Бертье. Искусству управления морским транспортом на стратегической карте игрок учится, переправляя Наполеона с острова Корсика на берег Франции. Экономической составляющей игры посвящены задания вблизи Реймса: постройка дорог, колледжа и управление научными исследованиями. Одновременно необходимо не допускать чрезмерно высокого уровня недовольства среди рабочих, недовольных высокой налоговой ставкой. Военная составляющая связана с проведением осады крепости Тулон.