Игроки берут под контроль Риса (Rhys) — наследного принца оракиансного королевства Ланден (Landen). В день своей свадьбы с Майей, таинственная амнезия выбросила его на берег Ландена на два месяца раньше положенного срока .Во время церемонии, дракон — идентифицированный как Лаян — внезапно появляется и похищает Майю, что казалось приводит к обострению конфликта между Лаянами и Оракианами. Во время поиска Рисом Майи он привлекает на свою сторону нескольких персонажей. В конце концов становится ясно, что Майя сама является Лайяном — она принцесса королевства Цилль (Cille), которая была похищена во имя спасения её народа, который верил, что она была похищена враждебными Оракианами.

Становится очевидным что конфликт между Оракианами и Лаянами был одним из релятивизмом, в которой ни одна из сторон, ни Зла ни Добра не пришла к единому мнению и понесла серьёзный ущерб. Это конфликт, который представляет собой то, что пока персонажи трёх поколений Phantasy Star III приходят к шокирующим откровениям о своих мирах, Лайя и Оракио наконец разоблачают истинный корень зла.

Преемственность серии

Согласно переводу на английский язык, сюжет игры протекает одновременно с Phantasy Star IV, так как сюжет обеих игр, как утверждается проходит через 1000 лет после событий Phantasy Star II, хотя это никогда не утверждалось. По факту в японской версии игры события проходят через 1000 лет «спустя» событий Phantasy Star IV. Это имеет важные последствия в преемственности. Прежде всего это означает что Опустошающая Война (Devastation War) между Оракио и Лайей в американской версии состоялась лишь через некоторое время после выхода из Палмы (Palma).В японской версии, это означает, что Темная Сила (Dark Force) по-прежнему присутствует, несмотря на уплотнение вдали от Глубокой Тьмы (Profound Darkness) в Phantasy Star IV.

Разбитый Мирный Корабль (Worldship) похож на корабль «Алиса III», видный на поверхности Мотавии (Motavia) в Phantasy Star IV. Тем не менее это не собственно сам корабль, но один из видов эвакуационного флота, который избежал разрушения на Палме во второй игре. Андроид Рен (Wren), появляющийся в этой игре не имеет отношения к Рену из Phantasy Star IV, за исключением лишь аналогичной модели. В японской версии игры Рен назван Сиррен (Searren), в то время как в четвёртой игре он назван Форрен (Forren).

Персонажи

Первое поколение

Рис (Кейн (Kein) в японской версии) — первый играбельный персонаж, его сбалансированный тип. Он князь оракианского царства Ланден, цель которого — стремление спасти Майю, его невесту из лап Лаянского дракона. Рис сражается на мечах, ножах и иглах. Из-за полнокровного оракианского наследия не может использовать другую технику.

Лиль (Lyle) — таинственный человек, который присоединяется к Рису для ремонта погодной системы управления на Аридии (Aridia), но по всей видимости для неё существует другая последовательность операций. Лиль сражается двумя одинаковыми жезлами, но может использовать те методы, которые свойственны Лаянскому происхождению. Он — тип ловкого персонажа.

Мьеу (Mieu) — боевой андроид, предназначенный для ближней борьбы, подавляющей её противников молниеносным рефлексом и острыми когтями. Она ждала на берегу озера 1000 лет в ожидании «потомка Оракио», который будет командовать ей. Не смотря на то, что она ни Лаян, ни Оракиан, она может использовать технику. Потенциал её функций раскрыт не полностью и окутан тайной. Она являет собой тип скоростного персонажа, играбельного персонажа во всех трёх поколениях.