Боевая система во многом отличается от представленной в трилогии Sands of Time и больше напоминает оригинальную серию и файтинг. На смену сражениям с группами врагов из игр Sands of Time пришли дуэльные поединки. Основным оружием Принца является меч, а кроме того в качестве дополнительного оружия он может использовать особую перчатку на левой руке, чтобы заблокировать атаку противника или подбросить его высоко в воздух. Если во время нанесения очередного удара быстро заблокировать удар мечом, то Принц получит возможность для атаки не опасаясь блока противника. Совмещая 4 типа атаки — мечом, перчаткой, акробатикой и магией Элики, можно получить множество видов комбо, в зависимости от количества и порядка атаки каждого вида.

Если встать в блок, то Принц будет отражать все обычные атаки, но повысится вероятность того, что противник сделает своё комбо. Все комбо противников также как и у принца делятся на 4 вида: акробатическое, силовое, магическое и комбо в захвате. Акробатическое комбо можно узнать по прыжку противника, от которого можно спастись только кувырком из зоны удара, силовое комбо характеризуется прямым противостоянием противников, магическое комбо характеризуется применением противником «Тьмы», от этого Принца может защитить только Элика своими магическими способностями, Комбо в захвате можно узнать по характерным действиям противника, которое можно перехватить перчаткой.

В бою у Принца есть три состояния здоровья: «здоров», «ослаблен» и «повержен». Когда Принц «здоров», он быстр, силён и ловок. Если он пропускает удар, то переходит в «ослабленное» состояние, в котором он не столь проворен и более уязвим для нападения, оно проходит через некоторое время, причём в блоке время восстановления дольше. Пропущенный в этом состоянии вражеский удар может «повергнуть» Принца на землю, что делает его уязвимым для любых атак противника. При этом для отражения добивающей атаки противника необходимо быстро сориентироваться и совершить нужное действие (удар мечом, атака перчаткой, акробатический приём или магию Элики), иконка которой появляется на короткое время посреди экрана (система QTE). Если блок прошёл успешно, то врага отбросит а Принц поднимется на ноги и перейдёт в состояние «ослаблен». Иначе Элика отбросит противника магической атакой, а Принц также вернётся в «ослабленное» состояние, но враг при этом восстановит часть своего здоровья. Если при опрокидывании на пол быстро нажать кнопку акробатики, Принц может моментально вернуться в бой быстро встав на ноги.

Из нововведений выделяется новая для серии система открытого мира: игрок волен посещать различные локации в произвольном порядке. Всего в игре 5 зон — Храм и четыре пристанища прислужников Ахримана, каждое из которых разделено на 6 локаций — один вход в область, после исцеления которого откроются 4 локации, которые тоже надо освободить, после чего уже откроется логово босса. В каждой зоне есть свой отдельный босс, который встретится по одному разу на каждой локации своей зоны. После каждой победы над боссом Элика исцеляет новую локацию, и из тёмного владения Ахримана она превращается в светлый и красочный сад. На каждой локации раскидано по 45 семян света — их герои обязаны собирать по ходу игры для открытия новых сил Ормузда, которые позволяют достичь новых игровых зон.

Акробатика значительно упростилась — для перемещения по локациям и преодоления препятствий достаточно всего двух кнопок, отвечающих за прыжок и перчатку соответственно. Бег по стенам происходит автоматически, если прыгнуть на ровную стену. С помощью перчатки герой цепляется за кольца, в результате чего совершает резкий рывок в верх, изменяет направление бега и перемещается по потолкам.