Позже по ходу игры Принц (в своём тёмном виде) находит тело отца и рядом его меч. Принц был настолько опечален, что больше уже не превращался в Тёмного принца. Принц взял меч отца и отправился на Вавилонскую башню. Здесь начинается решающая схватка.

После тяжёлой битвы, Принц вонзает кинжал в сердце Визиря, тем самым убив его. Песок из Визиря и всех Песчаных монстров сливается в образ Кайлины. Она говорит, что есть много других миров, где она может существовать. После этого Принц отдаёт ей Кинжал, и она забирает последнюю часть песка — ту, что была в Принце. После этого Кайлина испаряется.

Неожиданно, Принц и Фара слышат странный звон. «В чём дело?» — спрашивает Фара. Принц видит свою корону, но когда он собирается её поднять, приближается человек в плаще и сам подбирает корону. Им оказывается Тёмный принц, который материализовался в самостоятельное существо. «Всё что принадлежит тебе — моё по праву! И всегда будет моим!», произносит он и замахивается цепью.

Принц оказывается на опустевшей крыше Вавилонской башни, наедине со своим альтер-эго, который не атакует, а лишь насмехается и попрекает Принца. Впоследствии Принц попадает в Мир Разума. Темный принц утверждает, что Принц такой как раньше — воин, не знающий жалости и готовый идти в бой несмотря ни на что, и он (Тёмный принц) внутри него, и не собирается покидать его тело. Также он размышляет, каким бы правителем он стал, «разумно» используя данный ему дар. Наконец, он твёрдо решает встать на место Принца, стать правителем Персии, а после — всего мира. В процессе видений, Принц попадает на локации из прошлых игр: свой корабль и зал с порталом (Warrior Within), пещеру с апгрейдами и спальню Фары (The Sands of Time). Наконец он оказывается на платформе, по бокам которой стоят трон Тёмного принца и трон самого Принца, причём второй начинает покрываться узором, который был на «заражённой» руке Принца, что даёт понять, что Тёмный принц уже начал творить задуманное. Неожиданно появляется Фара и говорит, чтобы Принц ушёл из этого дурного места. Повсюду на платформе появляются клоны Тёмного принца, которые смеются над Принцем. После этого, герой поднимается по лестнице, на что Тёмный принц реагирует весьма озлобленно. Но в конце концов, угрозы переходят в мольбы.

Принц просыпается на крыше. Фара спрашивает, как его самочувствие, на что Принц отвечает, что он в порядке. Далее они разговаривают, стоя у перил крыши. Фара спрашивает, откуда же Принц узнал её имя. В ответ Принц произносит уже знакомое начало. «Люди думают, что время — это река, несущая свои воды в одном направлении. Но я видел истинный лик времени, и говорю — время, это океан в бурю. Ты хочешь спросить, кто я и почему я это говорю. Пойдём, и я расскажу историю, подобной которой ты не слышала никогда», начинает он. Камера отдаляется, и мы видим Принца бегущим сквозь джунгли во время ливня (прямая отсылка к началу трилогии, The Sands of Time). Таким образом, Принц собирается рассказать Фаре события своих приключений с самого начала — когда они с отцом осаждали замок Махараджи, и к нему в руки попал таинственный артефакт — Кинжал Времени.

Геймплей

Игровой процесс игры ближе к первой части игры — важна роль акробатики, чему способствуют несколько новых акробатических приёмов Принца. Тем не менее, боевая система почти полностью соответствует таковой из второй части игры: два оружия — основное в правой руке и временное в левой — схожие комбо. Исключениями являются отсутствие приёма «удушение» и наклонного прыжка от стены вниз. Также впервые основным оружием Принца является не меч, а кинжал (в начале игры обычный кинжал, потом Кинжал Времени), что, впрочем, никак не влияет на его боевые навыки. Дополнительное оружие теперь имеет собственную шкалу повреждений, в отличие от второй части, где оружие просто меняло цвет в зависимости от повреждённости. Теперь второе оружие стало медленнее ломаться, однако теперь оно повреждается даже от удара об стену.