В конце 2001 года возобновилась разработка Resident Evil 4.

Первый её официальный анонс, как одной из пяти игр, разрабатываемых студией Capcom Production Studio 4 исключительно для платформы GameCube состоялся в ноябре следующего года.

Режиссёром этой редакции, называемой «fog version», выступал Хироcи Cибата. Работы по этой версии были выполнены на 40 %. Игра рассказывала о проникновении Леона Кеннеди в европейскую штаб-квартиру корпорации Umbrella и включала традиционных для сериала монстров, таких как зомби. В ходе нового сценария, вновь написанного компанией Сугимуры, Леон заражается вирусом «Прародитель» (Progenitor) и в его левой руке появляется скрытая сила. Продюсер релиза также отметил, что Эшли тогда не было, а была другая девушка. Тем не менее, было принято решение начать разработку игры снова.

На выставке E3 2003 была показана другая версия, широко известная как «hook man version», хотя на выпущенном Biohazard 4 Secret DVD официально была названа lit. "Hallucination Biohazard 4". Во время вступительного трейлера, Миками заверил, что её разработка шла очень гладко и заявил, что игра будет страшнее, чем когда-либо прежде, предупреждая игроков фразой «Не намочите в штаны!».

Действие сюжета должно было происходить в доме с призраками, где Леон С. Кеннеди подхватывал странную болезнь и сражался с паранормальными врагами — средневековыми доспехами, живыми куклами, и призрачными людьми, вооружёнными большими крюками. Игра содержала воспоминания и галлюцинации, отмеченные голубоватым оттенком и покачивающейся камерой. Также были показаны различные механики игрового процесса, которые затем перенесли в релиз, такие как камера на уровне плеч для наведения в боях. Другие детали, такие как выбор диалогов были позже удалены. Хотя в конечном итоге и этот вариант отменили, пятиминутный геймплей из него был выпущен на диске Biohazard 4 Secret DVD, а предварительно заказавшие из Японии в январе 2005 года получили бонус.

После этого, прорабатывался ещё один вариант, названный «zombie version», так как в сюжет были возвращены зомби. Однако работа над ним была прекращена ещё до того, как он был представлен публике. Разработчики посчитали, что он слишком стереотипен.

Трейлеры, демо-версии и выставки

За время разработки Resident Evil 4 было выпущено несколько демо-версий, а также ряд официальных трейлеров. Первый трейлер был показан публике на Tokyo Game Show 2002. Продолжительность трейлера составила 1 минуту 19 секунд; он демонстрировал одну из первых редакций игры, ставшей известной как «fog version». Вскоре после выставки E3 разработка этой версии была отменена.

Второй трейлер был продемонстрирован на выставках Tokyo Game Show 2003 и E3 2003. Ролик продолжительностью 1 минута 14 секунд показывал уже другую версию. На выставке E3 2003 была представлена и первая демо-версия игры по этому сценарию, ставшая известной как «hook man version».

Следующая демо-версия на четвёртом, ставшем затем релизном, сценарии увидела свет в начале 2004 года, во время Capcom Gamers Day (CGD), проходившему в Лас-Вегасе. А 22 сентября 2004 года играбельная демо-версия (североамериканский и японский регионы) для GameCube стала доступна для читателей Famitsu. Она была приложена к специальному изданию журнала, выпущенному во время Tokyo Game Show 2004. Чуть ранее, на выставке E3 2004, была показана демо-версия, содержащая один уровень.

Проект переиздания игры в HD на платформах Xbox 360 и PlayStation 3 был представлен 20 сентября 2011 года, на проходившей выставке Comic-Con 2011.