Системы подводного комплекса оказываются запрограммироваными на то, чтобы выпустить Хаос на свободу в случае смерти главы организации, Карлы Радамес. Полностью развившийся Хаос смог бы за считанные дни заразить всё население земли К-вирусом. Крис и Пирс вынуждены остаться на базе чтобы уничтожить Хаоса. В ходе битвы Пирс Нивенс теряет руку, а Крис Редфилд оказывается схвачен Хаосом. Пирс принимает решение ввести себе дозу захваченного у Карлы Радамес усиленного К-вируса, чтобы получить шанс спасти Криса Редфилда и победить Хаоса. И то и другое мутировавшему Пирсу удаётся, но в итоге он отказывается спасаться с тонущей подводной станции и заставляет Криса эвакуироваться в одиночку.

Джейк и Шерри

В начале своей сюжетной ветки Джейк Мюллер, внебрачный сын главного антогониста предыдущей части игры Альберта Вескера, служит солдатом-наёмником. Очередным его нанимателем становятся повстанцы Эдонии, вымышленной восточно-европейской страны. Нео-Амбрелла передаёт повстанцам шприцы с К-вирусом, превращающим людей в опасных мутантов дж’аво, утверждая, что это боевые стимуляторы, и таким образом проводит полевое тестирование своего нового биологического оружия. Джейк, унаследовавший от отца антитела к подобного рода вирусам, остаётся человеком, но его антитела становятся нужны всем: Карле Радамес, Дереку Симонсу, B.S.A.A. и просто человечеству для выживания. Сотрудница секретной службы США, Шерри Биркин (так же одна из выживших в ходе событий сентября 1998 года), помогает Джейку спасаться от брошенных на его поимку сил биотеррористов. В ходе своих приключений Шерри и Джейк сближаются, и изначально эгоистичный Мюллер начинает разделять альтруизм своей напарницы.

Ада

Сюжетная ветка Ады Вонг начинается с того, что она получает по мобильному видеофону якобы наводку от якобы Дерека Симонса, касающуюся некой подводной лодки в Северной Атлантике. Прибыв на эту подводную лодку Ада обнаруживает, что системы корабля, явно принадлежащего Дереку Симонсу, настроены на её отпечатки пальцев и голос, а весь экипаж подлодки состоит из мутантов дж’аво. В одной из кают обнаруживается видеозапись полугодовой давности с заданием от Дерека захватить Джейка Мюллера адресованное Аде Вонг, однако в действительности Ада уже долгое время не имела дел с Дереком и не получала от него никаких заданий. Покидая подводную лодку Ада снова получает от якобы Дерека видеосообщение, где он сообщает ей, что от её имени скоро планируется биотерорестическая атака мирового масштаба.

Пытаясь разобраться в происходящем Ада обнаруживает, что Дерек Симонс, не желавший смириться с тем, что Ада отказалась на него работать, превратил преданную ему сотрудницу-учёного Карлу Радамес, с помощью разработанного ей же К-вируса, в «копию» Ады Вонг. Превращённая Карла не только получила внешность Ады Вонг (в игре её можно узнать только по одежде синего цвета) но и убеждённость что она и есть настоящая Ада Вонг. Тем не менее, Карла возненавидела Дерека Симонса за своё превращение, и в тайне от него создала биотерорестическую организацию «Нео-Абрелла», призванную уничтожить то, что является наибольшей ценностью для Дерека — мировую стабильность.

В ходе расследования Ада несколько раз пересекается с другими персонажами игры. Она оказывает существенную помощь Леону, помогая добыть доказательства его невиновности в смерти президента США и справиться с Симонсом, но вынуждена скрываться от Криса и Пирса, считающих её ответственной за гибель их боевых товарищей. В конце концов Ада становится непосредственной свидетельницей гибели Карлы Радамес, перед смертью превращающейся в агрессивную биоорганическую массу, продолжающую утверждать, что она и есть «настоящая Ада Вонг». Со смертью Карлы, засвидетельствованной Крисом и Пирсом, Ада решает уничтожить следы того, что у неё когда-либо существовал двойник. Таким образом, единственными людьми, которые знают о том, что она всё ещё жива, остаются Леон и Хелена.

Особенности игры

• Игроку предоставляется выбор из четырёх сюжетных кампаний (по два протагониста в каждой), события которых происходят параллельно и пересекаются в нескольких ключевых точках. После прохождения одной сюжетной линий с одной парой, можно выбрать другую, взглянув на происходящие события с другой перспективы. В некоторых версиях игры кампания за Аду Вонг становится доступна только после прохождения других трёх компаний.
• В игре присутствуют семь персонажей: Леон Кеннеди в паре с Хеленой Харпер, Крис Редфилд в паре с Пирсом Нивенсом, Джейк Мюллер в паре с Шерри Биркин и Ада Вонг, чья компания создана с рассчётом только на одного игрока, из-за чего при парном прохождении ей помогает только безликий «агент». Каждый из протагонистов, включая «агента» обладает уникальным набором оружия и характеристиками.
• Действие игры происходит по всему земному шару, включая США, Восточную Европу и Китай.
• Над игрой работала та же команда разработчиков, что и над прошлыми частями.
• В игру опять вернулись классические зомби, как было в первых трёх играх, на этот раз заражённые К-вирусом.
• Зомби теперь могут бегать, прыгать, набрасываться на героев и держать оружие.
• Герои получили ряд тактических приёмов, например, подкат. Также возможно использование двух пистолетов при игре за Леона и холодного оружия.

Геймплей

Игровой процесс напоминает первые две части, то есть постоянно не будет хватать боеприпасов, когда кругом много врагов. Значительный уклон сделан на сражения в ближнем бою, используется большое количество комбо-ударов. Зомби могут не только набрасываться на персонажа, но и использовать оружие. В такие моменты у игрока появляется возможность вырвать из рук врага оружие и тут же применить его. Каждый раз во время ближнего боя у героя появляется полоса выносливости, поэтому продолжать рукопашное сражение слишком долго не получится, надо брать передышку. Введены некоторые тактические приёмы, например, персонаж может совершить подкат или же во время падения лечь на спину и продолжить прицельный огонь, постепенно отползая от неприятеля. Во время прохождения предстоит столкнуться с разными стилями: сражение в замкнутом пространстве, поиск ключевых предметов, оборона от превосходящих сил врага, поездка на снегоходе от надвигающейся лавины и многое другое. Суммарное прохождение всей сюжетной линии занимает 25 часов реального времени, что является высоким показателем для игр подобного жанра.