Чтобы связаться с USS, Волчья Стая прибегла к отчаянным действиям — члены отряда истребили очень много инфицированных и B.O.W., дабы привлечь внимание командования. «Umbrella» дала шанс Стае показать себя и сообщает, что в лабораторию корпорации проникли шпионы. Задача — опознать шпионов и убить их. Лаборатория кишела инфицированными, но Стая находит одного из шпионов — Аду Вонг. Она всё же сбегает. Позже неожиданно для всех активировалась система самоуничтожения комплекса. Также командование и отряд узнали, что Леон Кеннеди уже внутри и получил конфиденциальную информацию об «Umbrella». Таким образом Леон стал главной целью USS. Но преследовать его было бесполезно, так как лаборатория была готова взорваться. USS Delta выбираются из комплекса, скинув с лифта иную форму Тирана Т-103.

Вскоре корпорация перехватила звонок от Леона Кеннеди. Он, Клэр и Шерри, дочь Уильяма Биркина, находятся на ж/д станции Лонздейл. Шерри была инфицирована G-вирусом и получила противоядие. Цель миссии — убить Кеннеди и доставить Шерри корпорации. Половина из отряда начала сомневаться, можно ли доверять корпорации?! Отряд находит выживших, но там их ждут солдаты Spec Ops. В ходе перестрелки Леон получает ранение (что странно, так как в ходе игры он хорошо стоит на ногах, к тому же у него на груди не было повязки). Игроку предстоит выбор. Перестрелка будет происходить внутри станции, где нужно будет убить 2-х предателей.

1) Защитить Леона С. Кеннеди — нужно просто убить 2-х предателей отряда(Леон будет отстреливаться, но стоять на месте). Остальные 2 бойца отпустят тройку выживших; они собираются вывернуть «Umbrella» наизнанку.

2) Казнить Леона С. Кеннеди — помимо предателей нужно убить и Леона. После перестрелки Леон умирает, один из членов отряда стреляет в Клэр, и Шерри доставляют в корпорацию.

Спецназ

Сюжет начинается с того, что отряд «Эхо Шесть» правительственной организации Spec Ops был послан в Раккун-Сити, с целью узнать, что там произошло. Цель миссии — добраться до R.P.D. и получить данные о катастрофе в Раккун-Сити. Команда обнаруживает в городе помимо инфицированных ещё неизвестных солдат (USS), которые атакуют команду. Расправившись с ними, бойцы подходят к полицейскому участку. Около здания они встречают члена подразделения полиции «S.T.A.R.S» Джилл Валентайн, которая спасается от чудовища (Немезис), посланного «Umbrella». Монстр так толкнул автобус, что он перегородил вход в участок. Все пятеро начали искать безопасное место. Вскоре Джилл называет себя бойцам и говорит, что можно найти данные о корпорации в мэрии, потом убегает. «Echo Six» двигается дальше. Бойцы спасают других членов отряда, убив солдат USS и отбив атаку Немезиса.

По совету Джилл отряд отправился в мэрию. Цель — добыть данные о корпорации «Umbrella». По пути отряд спасает солдата UBCS Карлоса Оливера. Их отряд был послан в город, чтобы спасти жителей. Карлос сообщает, что солдаты USS устанавливает бомбы по всей мэрии. Команда добирается до мэрии, перебивает бойцов корпорации, обезвреживает мины и находит карту, в которой отпечатаны все входы в лабораторию «Umbrella» под городом.

Одним из таких проходов является водосток около башни с часами. Цель — найти проход к корпорации «Umbrella». По пути бойцы видят, как Немезис уничтожает вертолет и пытается убить Джилл и Карлоса. Отряд идёт спасать их, но опаздывает: Немезис инфицировал Джилл G-вирусом (не Т-вирусом, так как от этого вируса нет противоядия), и Карлос уносит её в башню. Немезис очнулся и начал преследовать «Эхо Шесть». Бойцы уходят в водосток, и, пробираясь сквозь солдат USS, добираются до литейного завода. Но там их настигает Немезис. Впрочем, отряд побеждает его, сбросив на него котлы с плавильным металлом. Немезис нейтрализован, но не убит, но это даёт время отряду уйти от него.