Сюжет

2004 год. Плавучий город будущего, Террагризия (Terragrigia), оснащенный по последнему слову техники, подвергается атаке биотеррористической организации, известной как «Il Veltro». После тщетных попыток отстоять город, Федеральная Комиссия Биотерроризма (The Federal Bioterrorism Commission) уничтожила город с помощью орбитального спутника, а события тех дней остались известны как «Паника Террагризии».

2005 год. Оценочный Альянс по защите от биотерроризма (The Bioterrorism Security Assessment Alliance), в лице агентов Джилл Валентайн и Паркера Лучиани, а также директора Клайва О'Брайана, отправляется в Европу где неподалеку от развалин Террагризии были обнаружены следы биологической угрозы. По мере поиска следов О'Брайан узнает, что связь с другими агентами, Крисом Рэдфилдом и Джессикой Шерот, была потеряна. Тем временем, Крис и Джессика находятся в заснеженных горах, где расположена база «Il Veltro».

Джилл и Паркер направляются на место, где был замечен последний сигнал от Криса. Место прибытия - лайнер Королева Зенобия. На борту агенты натыкаются на мутантов, известных как «Ooze» (Текучий), в которых превратились все люди на лайнере. Виной тому был новый вирус «T-Abyss». На борту они не нашли следов Криса и Джессики, однако там их ждала ловушка, которую для них устроили люди из организации «Il Veltro».

Тем временем, Крис и Джессика находят старый аэропорт, который является базой террористов. Однако их прерывает О'Брайан, который сообщает, что связь с Джилл и Паркером была потеряна. Крис просит, чтобы для дальнейших расследований им отправили замену. В горы высылают Кита «Дробилку» Ламли и Квинта «Придурка» Кетчама. В этот момент, Джилл и Паркер приходят в себя после атаки террористов. После воссоединения они подвергаются атаке Раймонда Вестера, агента «F.B.C.», ранее работавшего с Паркером. В это время Кит и Квинт находят видеозапись, на которой нечто убивает оперативников «Il Veltro». Как оказалось позже, это новая форма Охотников, зараженных вирусом и получившим способность становиться невидимыми. Крис и Джессика уже высадились на лайнер, однако следов Джилл и Паркера там не нашли. Позже они узнали, что это - лайнер-близнец, Королева Семирамис. Джилл и Паркер в это время пытаются выплыть из затопленных отсеков Зенобии, наладить вышку и узнать у О'Брайана, что же всё таки происходит. Однако их ожидают плохие новости: спутник, уничтоживший плавучий город, намерен потопить лайнер. К счастью, Квинт успевает предупредить Джилл и Паркера о системе «UAV» (которые применялись при распространении вируса). Запустив его, им удается отклонить удар спутника. Тем временем Крис и Джессика добираются до нужного лайнера.

Вернувшись внутрь корабля, Джилл и Паркер обнаруживают оперативника «Il Veltro». Но прежде чем им удается вступить в переговоры, появившаяся вместе с Крисом Джессика стреляет в него. Раненным оперативником оказывается Раймонд Вестер. Он успевает сказать Паркеру что-то о том, что им нужно «узнать правду о Террагризии». В это же время, Кит и Квинт всё же находят ценные данные об «Il Veltro». Но как только они копируют данные, как базу подвергают авиаудару. На лайнере команды делятся. Крис воссоединяется с Джилл, и они вместе направляются в лаборатории в недрах лайнера. Там то они и узнают правду о делах Лэнсдейла: он имеет прямое отношение и к Террагризии, и к «Il Veltro», а его главная цель - продвижение «F.B.C.». После того, как был создан антивирус, Лэнсдейл уничтожил всю группу, натравив на них мутантов, тем самым предав и «Il Veltro». Теперь он избавляется от улик. Он уничтожает лайнер Королева Семирамис с помощью спутника, в то время как Зенобия должна пойти на дно благодаря системе самоуничтожения. Герои успевают применить антидот, чтобы обезвредить вирус и не дать ему попасть в мировые воды. Тем временем Паркер и Джессика должны найти способ остановить самоликвидацию судна. В то время как Джессика работает над системой, Паркер наставляет на неё пистолет. Как оказалось, Джессика - двойной агент. В это время появляется Раймонд, который был в бронежилете. Он уверяет, что Джессика намерена уничтожить судно и все улики на нём. Но Паркер не может поверить во всё это и опускает оружие. Джессика использует это и стреляет в Раймонда, но его спасает Паркер. Джессика же запускает механизм самоуничтожения и убегает. Ещё в сознании, Паркер велит Вестеру бежать.