Заметная разница в этой игре от Shenmue является обилие последовательности действий, в основном используются кинематографические события путём ввода Quick Time Events, вместо свободных сражений. В Shenmue, зачастую спросив определенного персонажа нужно для того, чтобы пройти сюжетную линию, однако в сиквеле, часто многие персонажи смогут помочь Рё достичь своей цели, что позволяет игре идти гораздо более быстром темпе и можно выбрать один из двух вариантов ответа, если неиграбельный персонаж задал вам вопрос. Есть также моменты нелинейности, например, в некоторых ресторанах игрок выбирает, какие события произойдут. Иногда будет использоваться Quick Time Events.

В этой игры деньги играют гораздо более важную роль, чем в первой игре серии, где Рё получал деньги в начале каждого дня, а здесь игроку требуется найти работу с частичной занятостью или играть в азартные игры для того, чтобы получить наличные. Shenmue II также может похвастаться большим выбором аркадных игр, чем его предшественник.

В то время как Shenmue состоял из одного мира с огромным количеством деталей (например, присутствует возможность открыть почти каждый почтовый ящик в доме Рё и взять оттуда содержимое), то Shenmue II состоит из нескольких миров с менее сложной детализацией, хотя можно долго исследовать мир. Несмотря на жёсткий темп игры и более насыщенную сюжетную линию, игра держит основную формулу своего предшественника, которая позволяет игроку по существу бродить по виртуальному миру, разговаривать с людьми и получать подсказки, некоторые из них для Рё будут служить раскрытием тайн убийства его отца.

Версия игры для Dreamcast имеет функцию передачи данных, в которой игроки могут перенести из Shenmue свои сохранённые данные, например, перенос в игру денег, собранных предметом и навыков боевых искусств.

Версии и выпуски

В 2002 году в Северной Америке и Европе вышел порт игры на консоли Xbox. Порт имеет некоторые изменения. Наиболее существенным изменением в порте является полное дублирование персонажей на английском языке. Появились две новые возможности в игровом процессе: режим «Snapshot» позволяет сфотографировать геймплей или ролики и сохранить их на жёстком диске Xbox и фильтр, чтобы изменить цвет, который используется на весь экран. Была улучшена графика (например, в ночные часы лучше выглядит вода), длина загрузок была несколько снижена, добавлена поддержка звука Dolby Digital 5.1 и частота кадров в настоящее время работает до 30 кадров в секунду с минимальными потерями персонажей на экране, так как версия игры для Dreamcast использовала LOD, из-за которой исчезали пешеходы на пустынной или переполненной местности. Порт также использует сглаживание Quincunx, как и многие игры для Xbox. И хотя техника снижает «неровности», но некоторые объекты выглядят «размытыми».

Есть также много других графических различий, в основном с присутствием эмблем на зданиях, наклеек на музыкальных автоматах, знаков на воротах и т. д.

Также добавлен режим для просмотра снимков, который сделал игрок, и шесть рассказов, которые могут быть разблокированы в процессе прохождения игры. Берутся снимки определенных персонажей и история сделана в виде манги. Четыре из них расширяют эту историю, в то время как оставшиеся две являются бонусными картинками.

Хотя версия игры для Dreamcast идёт в четырёх дисках формата GD-ROM, версия Xbox включает один DVD и в комплекте идёт фильм Shenmue: The Movie на отдельном диске для воспроизведения на DVD-проигрывателе. Фильм полностью состоит из сцен игры Shenmue.