В интервью с журналом Play руководитель проекта Persona 3 Кацура Хасино рассказал, почему было решено использовать для спутников главного героя в бою искусственный интеллект: «Думаю, гораздо забавнее, когда спутников контроллирует компьютер, таким образом отчетливо заметны характеристи и характеры каждого из них. По этому поводу не было никаких возражений среди команды разработчиков.» Также он отметил, что такой подход не был хорошо принят игроками. В отличие от предыдущих игр серий Persona или Megami Tensei в Persona 3 не была включена возможность переговоров, позволявших игрокам разговаривать с противниками во время боя, чтобы уговорить присоединиться к своей команде или получить от них полезные предметы или деньги. В то же время, социальные элементы Persona 3 (и её последователя Shin Megami Tensei: Persona 4) были сочтены разработчиками эквивалентными системе переговоров. Марагос сообщил в интервью 1UP.com, что «переговоры не ушли… [они] всё ещё влияют на комбинирование Персон; это всё ещё важная часть игры. Мне они кажутся замаскированными, но всё же они всё ещё здесь есть».

Музыка

Саундтрек к Persona 3 был полностью написан Сёдзи Мэгуро за исключением «Adventured act: », созданным Ёсукэ Уда. Он был выпущен на двух дисках 19 июля 2006 года студией Aniplex в Японии. Выборка треков вышла в составе североамериканской версии Persona 3. Альбом Burn My Dread -Reincarnation: Persona 3- был выпущен в Японии 18 апреля 2007 года опять же студией Aniplex. Он содержит 11 аранжировок треков Persona 3 и расширенную версию песни «Burn My Dread.» Композиции Reincarnation были созданы Сёдзи Мэгуро. Мэгуро сообщал, что участие в разработке Persona 3 стало первой возможностью для него полностью выразить себя в музыке к игре. Ранее ограничения PlayStation заставляли его писать музыку в диапазоне 100—200 килобайт, из-за чего музыка звучала «слишком скучно». Переход на PlayStation 2 позволил использовать музыкальный поток в реальном времени. Мэгуро счёл это «моментом, с которого он может творить свою музыку, не идя ни на какие компромиссы».

Мэгуро также написал новые композиции к Persona 3: FES. Выпущенный 2 мая 2007 года в Японии студией Aniplex альбом содержал оригинальные композиции FES и аранжировки композиций из более ранних игр серии Persona. «The Snow Queen», созданная Кэнъити Цутия, — ремикс темы из Revelations: Persona. «Maya’s Theme», также созданная им, и «Time Castle», написанная Тосико Тасаки, — ремиксы треков из Persona 2. Persona 3 Portable содержит новую фоновую музыку, которую можно услышать только если игрок выберет в качестве главного героя женского персонажа. Официальный саундтрек к игре был выпущен в Японии студией Aniplex 25 ноября 2009 года.

Музыка из серии игр Persona исполнялась на двух концертах, организованных Aniplex. Первый, Persona Music Live: Velvet Room in Akasaka Blitz, проходил в Акасаке, Токио 22 августа 2008 года. Во время него звучала музыка из Persona 3, Persona 3: FES, Persona 4 и аниме-сериала Persona: Trinity Soul. В основном звучали композиции Persona 4, на тот момент последней вышедшей в Японии. Aniplex выпустила DVD-диск с записью концерта в сентябре 2009 года. Второй, Live in Velvet Room, проходил в Вел Сити Отеле в Синдзюку, Токио в сентябре 2009 года. На концерте звучала музыка из Persona 3, Persona 4 и двух ремейков для PlayStation Portable: Shin Megami Tensei: Persona — ремейк первой игры серии Revelations: Persona — и Persona 3 Portable