Эффект Ninjitsu:

• • Молния - делает Джо временно неуязвимом. При этом её исчезновение зависит и от урона врага (до 10 ударов и выстрелов).
  • Столбы огня - мощный, хотя в целом бесполезный против многих боссов огненный взрыв, в виде четырёх столбов огня.
  • Взрыв - герой взрывается при этом сам, тем самым нанося существенный урон врагам, нежели чем предыдущий, при этом количество магии не уменьшается, а отнимается только одна жизнь, что делает эту атаку самой полезной, чем все остальная магия. Однако, использование этой Ninjitsu при менее 1 жизни, приведёт к гибели. Также это единственная магия, где ещё и восстанавливаться полностью здоровье.
  • Тень - герой выпускает несколько "себя", тем самым ускоряясь в скорости и в прыжках. На практике, это магия в большинстве случаев не используется, по причине её ненадобности.

Также в игре присутствует несколько денежных бонусов. Они зависят от того, как прошёл игрок весь раунд. Всего их 4 + ещё одни секретный:

• • SHINOBI - 30 000 очков (не кинуть ни одного сюрикэна).
  • SPECIAL - 10 000/20 000 очков (убить всех врагов и найти все секреты).
  • TECHNICS - от 1500 до 8000 очков (за красоту боев).
  • NO NINJUTSU BONUS - 10 000 очков (не использовать магию NINJUTSU).

Только после получения всех этих бонусов, игрок получит призовой секретный бонус PERFECT - 50 000 очков.

Уровни

• Раунд 1: Воскрешение Зеда (англ. Zeed's Resurrection).

Герой начинает свой трудный путь в Японском лесу, перебираясь через рощи, позднее через пещеры, попутно разбираясь с немногочисленными врагами, а также подбоссами (3 уже встреться в сам начале в виде толстых самураев с мечами, 2 появятся посредственно в самой пещере).

В конце героя ожидает четырёхрукий самурай, который во время своих атак передвигается, сшибая Мусаси и скрываясь за экран, после того как получит урон.

• Раунда 2: Секретный проход (англ. Secret Entry).

В перовой зоне игры, герой бежит по лугам на лошади, попутно сшибая врагов, которые выпрыгивают из воздушных змеев и разбираясь с особым жёлтым самураям, подбоссом, который в огромных количествах раскидывает по экрану враг, также достаточно быстро передвигается и атакует ногами.

В последующим, игрок оказывается в современном мире технологий, на подобии военной базы, где враги уже военные, вооруженные автоматами, бумерангами и щитами. В 3 зоне, герой поднимается на лифте вверх

к боссу, попутно отбиваясь от врагов, также уворачиваясь от расплющивания, при этом не упуская лифт, иначе игрой теряет жизнь.

Боссом выступает летательный аппарат с мозгами, который не только быстро передвигается по воздуху, но и стреляет, искажая при этом реальность (в этом случает игроку надо "отзеркалить" управление), выпускает бомбы и стреляет электроимпульсом.

• Раунд 3: Телестное оружие (англ. Body Weapon).

Мусаси попадает в некие подземные лаборатории, уже с немногочисленными врагами, однако, это уже различные кислотные мутанты, которые оседают в кислоте, в колбах и т.д. Также встречаются сгустки-электрошокеры. В конце зоны, в качестве подбосса выступают колбы с монстрами, задача игрока, в том что необходимо как можно быстро их уничтожать и остаться целым.

Во второй зоне Джо попадает в трущобы, где босс уровня пытается испепелить игрока, при этом нужно не только уворачиваться от "прицела" монстра, но и не попасть в клешни мутантов, которые тем самым предоставляют своему хозяину "живую мишень".