Сюжет

Основная часть

Пролог игры представляет собой страшный сон главной героини Хизер, где она бродит по заброшенному, тёмному и населённому чудовищами парку развлечений, пытается спуститься по рельсам «американских горок» и погибает под колёсами спускающейся вагонетки. В этот момент Хизер просыпается. Она находится в большом торговом центре уже перед самым закрытием.

Хизер намеревается отправиться домой. С ней пытается заговорить пожилой человек, представляющийся детективом Дугласом Картландом, но Хизер сбегает от него и бродит по пустому торговому центру, постепенно погружающемуся в кошмарный потусторонний мир. Здесь, помимо чудовищ, главная героиня встречает безумную женщину по имени Клаудия, которая намекает на дальнейшую судьбу протагонистки и её предназначение. Когда Хизер удаётся выбраться в реальный мир, она оказывается у входа в торговый центр, где снова встречает Дугласа. Он признаётся, что нанят Клаудией с целью розыска главной героини. Хизер спускается в метро, где снова попадает в иной мир. На пути домой, пройдя через тёмные потусторонние станции, туннели метро, канализацию и офисные здания, Хизер встречает ещё одного странного человека — некоего Винсента, постоянно обитающего в мире кошмаров и не испытывающего никаких неудобств. Наконец, Хизер удаётся добраться до дома, где она обнаруживает тело своего отца, убитого по приказу Клаудии{{rp|123}}. После встречи Хизер и Клаудии последняя уходит, предварительно сообщив девушке, что смысл этого убийства был в «наполнении сердца Хизер местью и ненавистью». Хизер сражается с боссом, убившим её отца, после чего возращается в свою квартиру, где снова встречает Дугласа.

После этого Хизер принимает помощь детектива Картланда, и они на автомобиле отправляются в Сайлент Хилл с целью отомстить Клаудии. Выясняется, что отец главной героини — писатель Гарри Мэйсон, главный герой первой части серии, а сама Хизер — ребёнок, рождённый от Алессы Гилеспи. Клаудия стремится к рождению «Бога» культа от Хизер, так как протагонистка является реинкарнацией Алессы. По пути в город Дуглас говорит, что Винсент оставил сообщение о необходимости поиска человека по имени Леонард.

По прибытии в заброшенный и окутанный туманом Сайлент Хилл Хизер посещает психиатрическую больницу Брукхэвен, где по телефону беседует с Леонардом Вульфом{{rp|112}}. Вульф, оказавшийся отцом Клаудии и членом культа, неожиданно соглашается помочь ей. Однако при личной встрече Хизер обнаруживает, что Леонард выглядит как страшное чудовище, и убивает его.

Вернувшись в мотель, Хизер застаёт там Винсента, который направляет её через парк развлечений в церковь — центр культа, возглавляемого Клаудией. По прибытии в парк развлечений Хизер попадает в иной мир, где находит раненого детектива Картланда. В церкви между Клаудией и Винсентом разгорается спор, в ходе которого Клаудия убивает бывшего соратника, заколов его кинжалом.

Хизер становится плохо, поскольку обитающий внутри неё «Бог» пытается появиться на свет. Она открывает кулон, который ей передал Гарри, и съедает небольшую таблетку Аглаофотиса, хранившуюся в нём. Хизер рвёт «Богом», напоминающим недоразвитого младенца. Она пытается уничтожить «Бога», однако Клаудия проглатывает его, становясь новой богоматерью. Главу секты хватает монстр Валтиэль и утаскивает в дыру, протагонистка следует за ней. Внизу Хизер обнаруживает, что Клаудия мертва, а около неё находится рождённый «Бог». Главная героиня сражается с ним и, в конце концов, убивает. После битвы Хизер, расплакавшись, садится на пол, вспоминая своего умершего отца. Уже собравшись уйти, она оборачивается.