В каждой игровой локации Гарри должен противостоять монстрам, часть которых являются боссами. По мере прохождения игры Гарри будет находить разновидности оружия для борьбы с чудовищами. Так как он является обычным человеком без каких-либо серьёзных боевых навыков, Гарри стреляет неточно. Он также не может выдержать много ударов от монстров и не может долго бегать без остановки.

Игрок должен искать и собирать карты каждой локации, своим видом похожие на туристические. Гарри может посмотреть на карту только в том случае, если он не находится в темноте; по мере прохождения игры Гарри делает отметки на картах, показывающие игроку, куда ему следует идти дальше. Видимость в Сайлент Хилле очень низкая из-за густого тумана и темноты; последняя превалирует, когда локации изменяются и превращаются в так называемый «Otherworld» (Потусторонний мир). В начале игры Гарри находит фонарик, но он освещает путь только на несколько футов вперёд. В инвентаре Гарри также присутствует портативное радио, которое начинает издавать шум при приближении врага.

Сюжет

Действие игры разворачивается в 1983 году вокруг 32-летнего писателя Гарри Мэйсона, который после смерти своей жены четырьмя годами ранее, живёт с приёмной дочерью Шерил. Однажды Гарри с дочерью отправляется в Сайлент Хилл, чтобы провести там отпуск. При въезде в город на дороге появляется нечто, похожее на маленькую девочку. Гарри, пытаясь избежать столкновения, резко поворачивает руль, и попадает в аварию, теряя сознание. Он просыпается и обнаруживает, что его дочь пропала. После Мэйсон встречает в кафе офицера полиции Сибил Беннет (Cybil Bennett), которая дает ему свой пистолет. Гарри отправляется на поиски Шерил в Сайлент Хилл, который оказывается заброшенным и покрытым туманом. В городе также идёт снег, что не характерно для времени года, в котором происходит действие игры. В церкви Сайлент Хилла Гарри встречает одержимую религией женщину по имени Далия Гиллеспи (Dahlia Gillespie), которая даёт ему непонятный предмет Флаурос (Flauros). Позже Мэйсон встречает доктора Майкла Кауфманна (Michael Kaufmann), заведующего госпиталя Алхемилла (Alchemilla), и медсестру Лизу Гарланд (Lisa Garland), которая работала в этом госпитале.

По всему Сайлент Хиллу Гарри встречает символ (знак Самаэля), который, по словам Далии, даст «Потустороннему миру» захватить город, если количество символов увеличится. По мере прохождения игры «Потусторонний мир» начинает поглощать город. На самом деле символ является способом заставить работать печать Метатрона (Seal of Metatron), защищающую от зла. После Далия говорит Гарри, что девочка, которую он видел на дороге и неоднократно после этого, на самом деле демон, который ответственнен за происходящее с городом. Она также просит его остановить её, потому что, если он этого не сделает, Шерил умрёт. Мэйсон доверяется Далии Гиллеспи и отправляется дальше. Вскоре в парке развлечений Lakeside Amusement Park Гарри встречает Сибил, которая подверглась воздействию неизвестного паразита. Игрок должен решить — спасти её (используя вещество Аглаофотис (Aglaophotis)) или убить.

Девочка появляется вновь. Выясняется, что она является обладающим сверхестественными силами призраком Алессы (Alessa), дочери Далии, которая была сожжена заживо своей матерью, пытавшейся привить ребёнку интерес к религии. Далия позже объясняет, что она использовала Гарри, чтобы выйти на Алессу. Она применяет Флаурос и берёт её под свой контроль. Внезапно Гарри просыпается в госпитале рядом с медсестрой Лизой, которая просит его о помощи. Но Гарри отталкивает Лизу. Гарри понимает, что она мертва. Испугавшись, Гарри убегает от неё. Дневник медсестры Лизы даёт понять, что она ухаживала за Алессой во время её секретной госпитализации в Алхемилла, в который девочка попала после того, как её мать заперла её в доме и подожгла, чтобы переполнить девочку ненавистью и заставить родить «Бога» (в религии Сайлент Хилла верилось, что «Бог» может родиться, только видя страдания и боль людей, нуждающихся в нём).