Кэтрин рассказывает, что произошло в альтернативной реальности XX-го века. Исследованиями на Каторге-12 руководили учёные Виктор Барисов и Николай Демичев. Барисов погиб при загадочных обстоятельствах. Демичев продолжил испытания Е-99 и благодаря этому добился быстрого карьерного роста. Широкое применение Е-99 (в частности, для получения сверхмощных бомб) помогло Советскому Союзу захватить практически весь мир. Опираясь на армию последователей, Демичев сместил Хрущёва и пожизненно стал главой Мирового правительства. Организация Мир-12 пытается пролить свет на странные события, произошедшие на Каторге-12, и в этом, по словам Мир-12, им может помочь только Ренко. Кэтрин направляет Ренко в лабораторию Барисова, которая должна хранить некие тайны.

Мы попадаем в Исследовательский центр Каторги-12. На Ренко нападают мутировавшие спецназовцы — зики — ловкие мутанты с огромной физической силой и мышечной массой, которые на некоторое время могут становиться невидимыми и неуязвимыми. Необходимо найти секретный вход в катакомбы под лабораториями и вход в тайное хранилище. Под землёй обнаруживается заброшенная шахта с мутировавшими растениями. Здесь Барисов разрабатывал прототип, использующий свойства Е-99. Ренко получает наручное устройство МВП — мобильный временной преобразователь, способное «состарить» или «омолодить» объекты (далее становятся доступны другие функции).

Используя временной разлом, Ренко оказывается в Исследовательском центре 5 ноября 1955 года, чтобы спасти Барисова от гибели. В этот день военные начали чистки в лабораториях Каторги-12. Демичев хочет присвоить весь успех исследований Е-99 себе и собирается застрелить Барисова. Но Ренко успевает в последний момент ранить Демичева. Требуется проводить спасённого Барисова до его лаборатории. Там учёный предлагает Ренко вернуться в будущее через временной разлом. Мы возвращаемся в альтернативную реальность 26 октября 2010 года. Барисов ждал этого 55 лет, теперь нужно встретиться с ним в его башне.

Ренко попадает в административный корпус. Там находятся упоминания о молоке с добавлением Е-99, которым кормили население Каторги-12. Ренко узнаёт, что за ним в прошлом охотились люди Демичева, но так и не смогли найти. Барисов решил надёжно спрятать МВП, а Демичев продолжил опыты на людях несмотря на официальный запрет. С одним из таких монстров, бывшим когда-то человеком, Ренко встречается во дворе административного корпуса. Эта огромная тварь способна телепортироваться а также довольно умна, кроме того, она призывает к себе на помощь зиков, но МВП помог Ренко справиться с врагом.

Появляется Кэтрин, вместе с которой нужно пробиться в башню Барисова. Башня представляет собой защищённое высоким забором под напряжением сооружение. Но прежде чем включился защитный периметр, Ренко с напарницей отбили несколько атак зиков. В башне Барисов показывает, что произошло в альтернативном прошлом. Дальнейшие исследования Е-99 закончились очередной катастрофой. Мощнейший взрыв в результате экспериментов с Сингулярностью накрыл остров. Люди с Каторги-12 были срочно эвакуированы, но спаслись немногие. Кто-то погиб сразу, а выжившие подверглись мутациям и превратились в монстров. Демичев сумел стать новым Генеральным секретарём Партии. У него были жёсткие намерения. Всего одна бомба с Е-99 разрушила Восточное побережье США. Весь мир пал под ударами военной мощи Советского Союза, правителем мира стал Демичев. В своей башне тем временем Барисов ждал прихода человека из будущего. И дождался.