Управление процессом осуществляется с помощью мыши и «горячих» клавиш на клавиатуре. Условно можно разделить процесс управления на две составляющие: глобальное и локальное управление, причём переход из одного режима в другой осуществляется плавно, без чётко выраженной границы, путём вращения колёсика мыши или нажатия Caps Lock. При изменении увеличения корабли и объекты в зависимости от размера переходят в пиктограммы, затем то же самое происходит с планетами и целыми звёздными системами.

В локальном режиме (на экране в этот момент отображается планета со всеми кораблями и строениями вокруг неё) можно осуществлять управление отдельными объектами, объединять боевые корабли во флотилии, указывать конкретную цель для атаки.

В глобальном режиме (на экране в этот момент отображается карта с планетами системы и пиктограммами флотов) можно осуществлять управление группами объектов (флотилиями)и совершать перемещения между планетами. Перемещение (прыжки) флотов между планетами осуществляется по «фазовым линиям», определённым образом связывающих все планеты системы; межзвездные перелёты осуществляются свободно, но от одной звезды к другой. Прыжки вблизи планет или других небесных тел невозможны (за исключением особых кораблей), так что кораблям необходимо сперва выйти за пределы «гравитационного колодца», прежде чем прыгать в фазовое пространство. Также, в некоторых системах существуют природные червоточины (называемые в игре «Черные дыры»), позволяющие мгновенное передвижение на любое расстояния к определённой другой червоточине. Фазовые линии, связанные с известной планетой, отображаются всегда; для исследования планеты необходимо просто послать туда любой корабль, хотя специальный быстроходный фрегат-разведчик подходит больше всего. В игре нет понятие «поле зрения»: любой юнит видит весь гравитационный колодец. Цвет фазовых линий показывает распространение культуры различных игроков.

Корабли в оригинальной игре делятся на четыре класса:

• малые (истребители и бомбардировщики) - запускаются со специальных крейсеров, флагманов или орбитальных ангаров; неспособны выполнять фазовые прыжки, бесплатны, заказываются автоматически восстанавливающимися эскадрильями из 3-11 машин.
• фрегаты - костяк флота, «рабочие лошадки» войны и мира. Делятся на разведчики, колонизаторы, основные боевые, осадные (бомбардирские корабли), противоистребительные (зенитные) и дальнобойные.
• крейсера - делятся на безоружные лёгкие космоносцы, корабли наступательной поддержки, корабли оборонительной поддержки и тяжёлые крейсера.
• крупные (флагманские), которые являются «геройскими юнитами», имея множество спец-способностей и собирая опыт. Количество флагманов в игре жёстко ограничено, так что большинство огневой мощи флота зависит от фрегатов. Делятся на линкоры, большие космоносцы, дредноуты (легко бронированные, но мощно вооружённые), линейные крейсера (корабли поддержки) и корабли носители (motherships) - линейные крейсера с спецспособностью «Колонизировать». Все флагманы имеют одинаковую стоимость и доступны с начала игры; первый флагман строится полностью бесплатно.

В дополнении Rebellion появилось 2 новых класса кораблей:

• корветы - дешевые и быстрые корабли, вооруженные несколькими видами оружия. Эффективны практически против всех классов. Совершают атаку так же , как истребители : нападают , отходят , и снова нападают. У каждой фракции свой корвет.
• титаны - огромные корабли колоссальной мощи, способны в одиночку уничтожить целый флот. Титаны, как и крупные корабли, являются «геройскими юнитами», но в отличие от них , при гибели , и последующий постройке, новый титан того же уровня, что и погибший. У каждого игрока, одновременно может быть лишь 1 титан. Титаны, как и корветы, у каждой фракции свои.