Между тем, Наклз сталкивается c летучей мышью Руж и Эггманом, которые хотят украсть Мастер Изумруд и использовать его в своих целях. Ехидна разбивает Мастер Изумруд и приступает к поиску рассеянных осколков, чтобы затем восстановить реликвию. Хотя Руж также намерена собирать осколки для своих целей, она выполняет задание правительства — шпионит за Эггманом. Эта миссия заставляет её проникнуть в космическую колонию АРК, где Шэдоу и Эггман собираются зарядить пушку «Затмение» (Eclipse Cannon) для захвата власти над миром. Чтобы достичь цели, чёрный ёж и доктор оказывают помощь летучей мыши в поиске Изумрудов Хаоса.

Тейлз и Эми Роуз проникают на Тюремный остров (Prison Island) и спасают Соника, а Эггман, Шедоу и Руж собирают три Изумруды Хаоса, а на остров, на котором находился синий еж, устанавливают бомбу для уничтожения. Эггман затем передает всему миру обращение, в котором демонстрирует силу энергетической пушки, уничтожив половину Луны. Соник и компания улетают в космос на космическом шаттле, но во время полёта Наклз теряет осколки Мастера Изумруда и покидает группу, чтобы вновь собрать их, но по пути встречает Руж. Во время боя ехидна спасает жизнь летучей мыши; в качестве вознаграждения она отдаёт свои собранные осколки Мастера Изумруда.

На борту колонии АРК Тейлз показывает фальшивый Изумруд Хаоса, который был создан для ликвидации последствий использования реальных Изумрудов и уничтожения пушки Затмения. Соник устанавливает поддельный Изумруд в пушку, когда Эггман объявляет, что он захватил лисёнка и Эми. Соник пытается дать Эггману поддельный камень, но в последнюю секунду синий ёж попадает в ловушку и летит в космос. Используя поддельный Изумруд, Соник выполняет приём «Хаос Контроль» и побеждает Шэдоу.

В это время Эггман собирает все семь Изумрудов Хаоса и пытается использовать пушку «Затмение» на полную мощность. Тем временем, активизируется и появляется послание Джеральда Роботника. Дед Эггмана заявляет, что планирует осуществить месть человечеству за смерть Марии и коллег с колонии — АРК столкнется с Землей и уничтожит всю планету. Главные герои и главный антагонист игры Эггман работают вместе, чтобы нейтрализовать Изумруды Хаоса и Мастер Изумруд и предотвратить столкновение. Шэдоу изначально не участвует, но Эми напоминает ему слова Марии, в которых говорилось о необходимости служить для общества. Он догоняет Соника и Наклза после того, как те добрались до центра колонии.

После отключения различных функций безопасности Соник и Наклз сталкиваются с прототипом высшей формы жизни и «братом» Шэдоу Биолизардом (Biolizard). Шэдоу побеждает существо, но оно использует Хаос Контроль и сливается с пушкой «Затмение», став Финалхазардом (Finalhazard). Он продолжает приближать колонию к Земле. Используя силу Изумрудов Хаоса, Соник и Шэдоу превращаются в супер формы и побеждают прототипа. Затем Соник и Шэдоу используют Хаос Контроль для телепортирования колонии на безопасную орбиту. Этот процесс, однако, истощает энергию Шэдоу. Выполнив обещание Марии — служить людям, чёрный ёж погибает. Человечество празднует, команда торжественно выражает благодарность чёрному ежу.

Разработка игры

В 1999 году, после выхода Sonic Adventure, бо́льшая часть разработчиков во главе с Такаси Иидзукой и Юдзи Накой основали филиал Sonic Team в городе Сан-Франциско. В сентябре того же года началось создание сиквела. Разработка Sonic Adventure 2 шла 1,5 года. Процессом разработки руководил Такаси Иидзука, а продюсировал проект один из создателей серии Юдзи Нака. Сценарий был написан Сиро Маэкавой, который принимал участие в создании Panzer Dragoon Saga. Ведущим программистом стал Катано, в роли арт-директора и дизайнера персонажей выступили Хосино и Уэкава соответственно, а звукорежиссёром стал композитор из лейбла Wave Master Сэноуэ.