Уровни

Зоны

• Mushroom Hill (Грибной холм). Большая холмистая лесная местность с растущими в ней гигантскими грибами, которые игрок может использовать как пружины для высоких прыжков. По мере прохождения местность трижды меняет цвет из-за влияния машины Доктора Роботника. В конце уровня, потерпев поражение, Роботник удирает на своём большом летающем агрегате; игрок цепляется за летающий корабль и попадает на вторую зону. Этот уровень позже появится в игре Sonic Generations (версия для Nintendo 3DS).

• Flying Battery (Летающая батарея). Большая летающая база Доктора Роботника. Уровень очень похож на зоны «Wing Fortress» и «Metropolis» из Sonic the Hedgehog 2. Пройдя этот уровень, игрок падает в пустыню.

• Sandopolis (Песчаный город). Похожая на Египет пустынная местность со множеством песочных ловушек, зыбучих песков и песочных горок. В конце первого акта игрок сражается с каменным големом и попадает в древнюю пирамиду, которую предстоит пройти во втором акте. В пирамиде игроку необходимо постоянно зажигать свет: по мере его угасания на заднем плане начинают летать привидения, которые при наступлении полной темноты атакуют игрока. Боссом второго акта выступает Роботник, скрывающийся в большом каменном изваянии, медленно ползущим навстречу персонажу.

• Lava Reef (Лавовый риф). Уровень в жерле вулкана, наполненного горячей лавой. Здесь же располагается база Роботника для повторного запуска Смертельного Яйца. На втором акте уровень застывает и Яйцо, видимое на заднем плане, начинает подниматься. При игре за Соника игрок в очередной раз сталкивается с Наклзом, который сбрасывает на него булыжник, отправляя на поле боя с Роботником. Играя за Наклза, игрок проходит то место и попадает на следующую зону, избежав битвы с Роботником.

• Hidden Palace (Скрытый дворец). Священный дворец, где хранится Главный Изумруд Хаоса. Играя за Соника, игрок встречает на этом уровне Наклза и сражается с ним. После этого появляется Доктор Роботник и похищает Главный Изумруд. Получив от него разряд тока, Наклз на время сваливается без чувств и после проводит Соника к порталу, переносящему их на следующую зону. За самого Наклза уровень очень короток и состоит только в том, чтобы пройти к порталу.

• Sky Sanctuary (Небесное святилище). Воздушный замок, парящий в облаках подобно Острову Ангела. За Наклза игрок сразу попадает на финальный поединок с Меха Соником. После одной победы Наклзу предстоит сражаться с ним ещё раз, когда Меха Соник, используя энергию Главного Изумруда, принимает супер-форму. Для Наклза этот уровень становится последним в игре. При игре за Соника игрок по мере прохождения трижды сражается с Меха Соником. Первый раз он появляется в летающем агрегате Роботника с шаром на цепи — такой босс появлялся в конце «Green Hill Zone» в Sonic the Hedgehog. Во второй битве агрегат с Меха Соником окружён шарами, так же, как босс в «Metropolis Zone» в Sonic the Hedgehog 2. В последней третьей битве он выступает против Соника в открытую. После победы над ним воздушный замок начинает рушиться, но Соник успевает проникнуть в Смертельное Яйцо, уходящее в космос. При игре за Соника есть небольшое пасхальное яйцо. В самом начале уровня Наклз прыгает на кнопку, активируя для Соника мост, и остаётся обессиленный лежать на ней. Если, играя за Соника, повернуться к Наклзу справа и пригнуться, он сделает Сонику характерный жест, призывая продолжить преследование Доктора Роботника. Данный уровень позже появился в играх Mario & Sonic at the Olympic Winter Games (версия для Wii), Sonic Generations (версии для PlayStation 3, Xbox 360 и ПК) и Sonic & All-Stars Racing Transformed.