Уровни

Как и в большинстве двухмерных игр серии, уровни в Sonic Heroes делятся на три части, объединённых определённой темой, причём третья — это всегда битва с боссом. Но в отличие от тех игр, части уровней называются не актами, а имеют свое собственное имя.

Задача команд Соника, Дарк и Роуз — добраться до конца уровня, обозначенный большим звенящим кольцом, а цель команды Хаотикс — выполнить определённую миссию их заказчика. Количество врагов, цели и ловушки на уровнях различаются у всех команд. Кроме того, каждая команда начинает и заканчивает уровень в разных местах. Так, уровни команды Роуз и команды Хаотикс, всего лишь небольшая часть уровней, которые должны проходить команда Соника и команда Дарк. За каждый пройденный уровень за каждую команду игроку даётся Эмблема. При помощи больших красных колец со звездой внутри, игрок может сохраниться, тогда после смерти команды, он начнёт уровень с последнего взятого чекпойнта. Но если у команды кончатся все жизни, игроку придётся начинать уровень сначала.

• Sea Gate (Морские врата) — этот «нулевой», учебный уровень, может пройти команда Соника в обучающем режиме; также это первый уровень для команды Роуз. Похожий на «Seaside Hill», данный этап предназначен для объяснения игроку принципов игры.
• Seaside Hill (Прибрежный холм) — похожий на большинство первых уровней игр серии Sonic the Hedgehog, этот этап включает в себя пальмы, пляжи и холмы в клеточку. От предшественников «Seaside Hill» отличается затопленными руинами белого цвета, раскиданными по всему уровню. Этап повторно использован в игре Sonic Generations (версия для Xbox 360, PlayStation 3 и ПК), встречается в качестве трассы в игре Sonic & Sega All-Stars Racing, а заснеженная версия этого уровня появляется в игре Mario & Sonic at the Olympic Winter Games на состязании «Alpine Dream Event».
• Ocean Palace (Океанский дворец) — как следует из названия уровень представляет собой дворец из руин, находящийся посреди океана. На уровне присутствуют острова из черепах, а также большие мёртвые петли. Помимо врагов, игрок должен остерегаться рушащихся столбов, а в игре за команду Соника и Дарк ему придётся убегать от огромных катящихся каменных колёс. Вместе с предыдущим уровнем, «Ocean Palace» появляется в Mario & Sonic at the Olympic Winter Games и Sonic & Sega All-Stars Racing.
• Egg Hawk (Эгг Ястреб) — первый босс. Самолёт Эггмана, вооружённый тремя лазерами-пулеметами и двумя роботами сидящими в сидениях на крыльях.
• Grand Metropolis (Большой мегаполис) — футуристический город, контролируемый энергетической монополистической компанией HEXAeco. По всему уровню встречаются особые ускоряющие персонажей дорожки, работающие на энергии от этой компании. Так как Эггман оккупировал город и начал использовать его энергию, каждая из команд решает освободить город от контроля Доктора.
• Power Plant (Электростанция) — расположенный в «Grand Metropolis», на этом этапе генерируется электроэнергия для города. Как и в предыдущем уровне здесь присутствуют особые дорожки тянущие команды вперёд, даже если они не двигаются, но в дополнение к ним добавляются ещё и вертикальные.
• Team Battle — команда Соника против команды Роуз, или команда Дарк против команды Хаотикс.
• Casino Park (Парк казино) — похожий на аналогичные уровни в играх Sonic the Hedgehog 2 и Sonic the Hedgehog 3 этап включает в себя гигантские колёса рулеток, вращающиеся платформы в виде игральных костей и места, где командам приходится перемещаться наподобие шаров в пинболе. В игре Sonic & Sega All-Stars Racing на основе этого уровня были созданы несколько трасс.
• BINGO Highway (Бинго шоссе) — как и предыдущий уровень, является зоной казино, с большими пинбольными площадками и неоновым освещением. Как следует из названия, на этом этапе присутствуют места, где игрок может играть в мини-игру бинго, заключающуюся в сборе специальных фишек с цифрами. Этот уровень является более сложным, чем «Casino Park», так как игрок может упасть с краёв пинбольных трасс. По аналогии с «Casino Park», дизайн уровня был использован в оформлении трёх трасс в игре Sonic & Sega All-Stars Racing.
• Robot Carnival (Карнавал роботов) — выглядит как площадка на которой по очереди появляются отряды роботов, отряд появляется после уничтожения предыдущего. Для прохождения нужно победить всех до единого.
• Rail Canyon (Рельсовый каньон) — как следует из названия, этот этап — каньон, с большим количеством рельсов. Опасность представляют, Rhino Liner, роботы-носороги, ездящие по рельсам, а также огромные чёрно-красные поезда, которые невозможно уничтожить.
• Bullet Station (Склад боеприпасов) — как и предыдущий уровень наполненный рельсами и поездами; главной новинкой в нём являются гигантские пушки, из которых команды должны вылетать в нескольких точках. По этапу раскиданы гигантские капсулы (они используются для создания андроидов Шэдоу), также в нём появляются поезда, которые игрок должен уничтожить.
• Egg Albatross (Эгг Альбатрос) — этот босс, представляет собой механизм, похожий на дирижабль. Он состоит из Egg Hawk, присоединённого к двум летающим устройствам.
• Frog Forest (Лягушачий лес) — тропический лес, находящийся к северу от «Bullet Station». В нём встречаются отпрыгивающие грибы и плоды, а также лозы винограда, которые растут быстрее, чем команды скользят по ним. На этом уровне появляются большие зелёные лягушки, которые кваканьем вызывают дождь. Они играют важную роль в прохождении этапа, так как от дождя начинают некоторые растения начинают очень быстро расти, и тем самым открывают новые маршруты для команды.
• Lost Jungle (Затерянные джунгли) — этап представляет собой болотистые джунгли, в которых кроме обычных лягушек вызывающих дождь, живут чёрные лягушки. Своим кваканьем они также вызывают дождь, но от него растения не растут, а умирают. Из-за этого исчезают платформы, а большие плоды падают вниз. Это может послужить как во вред, так и на пользу игроку: если он попадёт под падающий фрукт, он потеряет кольца, в то же время падающие фрукты уничтожают роботов, находящихся у них на пути. В конце уровня команде Соника и команде Дарк придётся спасаться от огромного аллигатора, живущего в болоте. Для этого игрок должен будет быстро раскачиваться и прыгать с лозы на лозу, тем самым перемещаясь к финишу.
• Team Battle 2 — команда Соника против команды Дарк, или команда Роуз против команды Хаотикс.
• Hang Castle (Парящий замок) — действие этого уровня происходит в мрачном, населённом призраками замком. Как следует из названия, он как бы подвешен в воздухе; также по уровню разбросаны переключатели, в виде сияющих шаров. При их активации уровень как бы переворачивается, заставляя персонажей ходить по потолку, музыка при этом тоже меняется. В одном месте на уровне игрок может увидеть гигантскую статую Эггмана, но после переворачивания этапа игрок увидит ещё и статую Нео Метал Соника.
• Mystic Mansion (Таинственный особняк) — единственный этап, который все 4 команды начинают с одной точки. Ворвавшись внутрь «Hang Castle», персонажи попадают в более странное место: картины «оживают», заставляя изображённых на них роботов материализоваться; скелеты прячутся за дверями, ведущими в никуда; огромные паутины висят над бездонной чёрной пустотой. К концу уровня команды Соника, Дарк и Хаотикс, попадают в секретное место в центре особняка, представляющее собой искаженное, разноцветное измерение, наполненное тыквоголовыми призраками.
• Robot Storm (Шторм роботов) — аналог «Robot Carnival» только с несколькими площадками и новыми сильными роботами.
• Egg Fleet (Эгг Флот) — армада воздушных боевых кораблей Доктора Эггмана, дизайном похожие на рыб. В этом уровне герои держать путь к массивной летающей штаб-квартире; для этого им приходится перемещаться прыгая с одного судна на другое. Дополнительные проблемы создают пушки, поэтому команде не рекомендуется стоять на одном месте слишком долго.
• Final Fortress (Последняя крепость) — последний уровень в игре, включающий в себя рельсы, пушки и лучших роботов Эггмана в качестве врагов. Игроку также будут мешать лазеры, потому он должен следить за искрящимися рельсами, которые указывают в какую сторону придётся удар. Команды Дарк и Соника должны дойти до конца этапа, представляющий собой гигантскую механическую голову Эггмана. Данный этап стал основой для трёх трасс в игре Sonic & Sega All-Stars Racing.
• Egg Emperor (Эгг император) — последний босс в конце истории каждой команды. Огромный робот вооружённый копьём-мечом и ракетами. Имеет крайне прочную броню. Центр этого робота-его слабое место, которое робот защищает с помощью массивного щита. Этот босс был выбран в качестве уровня для Nintendo 3DS-версии игры Sonic Generations.