Чтобы попасть в этот этап, игрок сначала должен найти на обычном акте один из специальных ключей, помещённый в клетку. Сломав её и достав ключ, игрок должен донести его до конца уровня. Ключ исчезнет, если персонаж будет атакован противником и потеряет кольца, или упадёт в пропасть, однако задачу облегчает то, что на уровне находятся несколько ключей. После прохождения уровня с ключом, игрок попадёт на специальный этап; им может быть «Bonus Challenge», либо «Emerald Challenge». Оба имеют похожую структуру и похожи на специальные этапы в играх Sonic the Hedgehog 2 и Knuckles’ Chaotix.

Если игрок попадёт на «Special Stage» в первом акте, ему придётся проходить «Bonus Challenge». В нём команде предстоит перемещаться внутри длинной трубы, собирая при этом разноцветные сферы и уворачиваться от шаров-бомб с шипами. Достигнув конца трубы, в зависимости от количества набранных очков, игроку даются от 1 до 5 дополнительных жизней.

Чтобы добыть Изумруды Хаоса, игрок должен попасть на «Special Stage» во втором акте. Тогда ему становится доступен «Emerald Challenge», отличающийся тем, что команды в нём должны будут догонять Изумруд Хаоса. Таким образом, на каждом из семи актов, игрок, любой из команд, должен взять по одному Изумруду, при этом сложность прохождения с каждым уровнем увеличивается. Сбор всех семи Изумрудов Хаоса и прохождение историй всех четырёх команд разблокирует Последнюю Историю.

«Special Stage» из Sonic Heroes, с использованием элементов «Koopa Cape» из Mario Kart Wii, также встречается в игре Mario & Sonic at the Olympic Winter Games как часть «Dream Bobsleigh». Специальные этапы из Sonic Heroes присутствуют в игре Sonic Generations, в версии для Nintendo 3DS.

Отсылки к предыдущим играм

В Sonic Heroes с помощью диалогов и пасхальных яиц делаются отсылки к предыдущим играм.

• Во вступительном ролике команды Хаотиксов на доске для напоминаний, находящийся за Вектором, видны концептуальные рисунки роботов из игры Sonic the Hedgehog.
• Поиск Бигом Фрогги напоминает его историю в Sonic Adventure.
• Руж: «Я не слышала от Президента в последнее время», если игрок долгое время будет стоять на одном месте в любом уровне (отсылка к Sonic Adventure 2, где Руж работала на правительство).
• Омега: «Я даже не смог бы победить Гамму или Бету», если в конце уровня игрок получил самый низкий ранг «E» (отсылка к Sonic Adventure; Бета и Гамма, как и Омега, роботы E-серии)
• Эми: «Это место напоминает мне Казинополис!», в начале уровня «Casino Park» (отсылка к Sonic Adventure). Примечательно, что в японской версии она не упоминает Казинополис.
• Наклз: «На моём острове тоже есть грибы, но они не такие огромные!» на уровне «Frog Forest» (отсылка на уровень «Mushroom Hill Zone» в Sonic & Knuckles)
• Шэдоу: «Космос? Ты сказала КОСМОС?», в ответ на реплику Руж: «Мы возможно даже находимся на границе с космосом» в начале уровня «Egg Fleet» (отсылка к «смерти» Шэдоу после битвы в космосе в Sonic Adventure 2).
• Наклз: «Egg Carrier ничто по сравнению с этим!», на уровне «Final Fortress» (отсылка к Sonic Adventure, Egg Carrier — одна из летающих крепостей Эггмана).
• Эми: «Эта погода напоминает мне о нашей последней атаке на Egg Carrier», в середине уровня «Final Fortress» (отсылка к Sonic Adventure).
• Шэдоу: «Некоторые вещи никогда не меняются, не так ли?» на фразу Руж украсть Мастер Изумруд, в конце истории команды Дарк (отсылка к Sonic Adventure 2).
• Метал Соник: «Я был создан с единственной целью — уничтожить тебя» обращаясь к Сонику на уровне «Metal Overlord» (отсылка к Sonic CD).