Соник удивлён появлением Блейз, так как в конце Sonic Rush она возвратилась в свой родной мир. Тогда Соник с Тейлзом понимают, что во время шторма их переместило в другое измерение. Они соглашаются помочь Блейз вернуть скипетр. Из материалов Тейлз строит антенну, которая улавливает электромагнитную активность, исходящую из района, в котором по слухам находится корабль-призрак. Прибыв туда, героям приходится сразиться с очередным роботом Вискера Призрачным Пиратом (Ghost Pirate). Самому Вискеру удаётся сбежать.

Размышляя, где скрывается пират, друзья решают обследовать север и восток, с помощью построенного Тейлзом судна на воздушной подушке «Аква Бласта». На севере они находят остров, где обитают викинги, но все жители оказываются замороженными Вискером и его роботом Призрачным Китом (Ghost Whale). После уничтожения последнего, Блейз размораживает викингов и один из них, белый медведь Норман рассказывает друзьям легенду о древнем парящем острове, который позже был низвержен вниз. Отправившись на восток от корабля-призрака, четверо искателей приключений находят небольшой остров. Обследуя его, Марин обнаруживает таинственный артефакт и с помощью него заставляет легендарный город «Небесный Вавилон» вновь воспарить над облаками. Герои находят там Вискера и уничтожают его Призрачного Кондора (Ghost Condor). Несмотря на то, что пирату вновь удалось сбежать, Блейз становится известно его убежище.

Поскольку вход туда расположен под водой, Тейлз строит подводную лодку «Глубинный тайфун». С помощью неё друзья находят пещеру, но не могут пройти через дверь, ведущую в пиратское убежище. Капитан Вискер случайно пробалтывается о существовании камней с символами, которые помогут открыть дверь. Отыскав на различных островах три камня с отметками, Соник, Блейз и Тейлз говорят Марин остаться дома, так как бой с пиратами может быть очень опасным; к тому же ранее енотиха уже причиняла неприятности команде. Затем трио отправляется к подводной пещере и, открыв дверь, оказывается на Пиратском Острове. Там они встречают Вискера и Джонни, оказавшегося первым помощником капитана. Сонику и Блейз удаётся одержать победу над ними; после поражения Джонни спасается бегством. Вискер, преследуемый героями, сбегает на свой корабль, но при этом берёт в заложники Марин, которая тайно следовала за командой. На корабле происходит последняя битва против капитана Вискера на роботе Призрачный Титан (Ghost Titan). В ходе неё Сонику, Тейлзу и Блейз удаётся спасти Марин и убежать с корабля, прежде чем он взорвётся. Блейз считает, что Изукрашенный скипетр также пошёл ко дну, но оказывается, что Марин сумела украсть его у пирата, когда была в плену.

Далее, развитие событий игры будет показано лишь после того, как будут собраны все Изумруды Хаоса и Сол Изумруды.

После всех приключений друзья размышляют, как отправить Соника и Тейлза в их родной мир. Внезапно коала Гардон, один из охранников Блейз, сообщает им, что Изукрашенный скипетр снова был похищен. Сразу после этого происходит мощное землетрясение, заставляющее четверых друзей выбежать из дома. Они становятся свидетелями выхода из воды робота Эгг Волшебника (Egg Wizard), пилотируемого доктором Эггманом и Эггманом Негой, заклятыми врагами Соника и Блейз. Эггманы раскрывают, что пираты работали на них и что именно им был необходим скипетр. С помощью него доктора планируют управлять так называемой «Силой звёзд», владея которой они намереваются завоевать мир. «Сила звёзд» расположена как раз под Южным Островом, поэтому Эгг Волшебник начинает прокладывать путь вглубь земли; тем временем герои преследуют его на буровой машине «Магмовый ураган», построенной Тейлзом.