Соревнования поделены на три вида. В «Grand Prix» оба игрока проходят все уровни подряд в качестве чемпионата. В конце его суммируется время, которое тот и другой игроки затратили на прохождение каждого уровня, и самый быстрый побеждает. При игре «Match Race» они соревнуются на одном выбранном уровне и выигрывает тот, кто быстрее закончит все пять кругов. «Time Attack» рассчитан на то, чтобы трое игроков поодиночке прошли пять кругов выбранного уровня, после чего сравнивается их затраченное на прохождение время.

Система сохранений

Оригинальные картриджи Sonic the Hedgehog 3 были выпущены со встроенной энергонезависимой памятью небольшого объёма — в виде микросхемы КМОП FM1208S-200CC производства Ramtron International. Благодаря этому в игре действует особая система, позволяющая её сохранять, а также количество очков, жизней, собранных Изумрудов Хаоса и т. д. При вхождении в меню «Data Select», где можно выбрать персонажа, присутствует несколько слотов для сохранения. Игрок может выбрать любой из них и начать игру. Каждый пройденный уровень вместе с набранными там очками будет сохраняться в слот. Если игрок вышел из игры, то в следующий раз, войдя в меню, он может выбрать тот же слот, на котором сохранилась его пройденная игра и начать играть с того уровня, на котором остановился.

Если же игрок прошёл всю игру с собранными Изумрудами, то он может войти на любой уровень, но ему не придётся собирать Изумруды Хаоса: первое телепортационное кольцо даст ему 50 колец, после чего Соник приобретёт супер-форму.

Сохранять другие игры можно на других слотах. Таким образом, игрок может бесконечно набирать очки за прохождение.

Уровни

Зоны

Игра имеет шесть игровых уровней, так называемых зон. Главный герой игры по-прежнему бежит слева направо, актов в зоне два, но, в отличие от Sonic the Hedgehog 2, они гораздо длиннее. После каждого первого акта игрок должен будет сразиться с мини-боссом. Заметно отличаются строение и музыка обоих актов.

• Angel Island Zone (Остров Ангела). Первая зона в игре, тропики с густой растительностью. Здесь встречаются только пики и слабые враги. В середине первого акта доктор Роботник производит обстрел острова и поджигает его. Этот акт интересен тем, что он имеет два способа прохождения: первый — по стандартному пути, второй — через заваленный камнями проход, куда можно попасть, играя за Наклза в игре Sonic 3 & Knuckles. Если игрок зашёл на бонус-уровень или потерпел поражение в первом акте, будет играть музыка второго. По завершении уровня герои подходят к мосту, где их поджидает Наклз. Нажав на кнопку, он обрушает мост, и Соник с Тейлзом падают в «Hydrocity». В конце зоны перед боссом Соника и Тейлза бомбардирует «Дирижабль» (Flying Battery), который является вторым уровнем в игре Sonic & Knuckles.