Шэдоу и Сильвер объединяют свои силы и отправляются в прошлое на десять лет. Они видят, как проект Солярис выходит из-под контроля, и свидетельствуют появление Иблиса и Мефилеса (который, представляет собой тёмную лужу). Раненый Герцог Солеанны (отец Элис) говорит им, что демоны должны быть изолированы, и даёт Шэдоу Скипетр Тьмы. Шэдоу идёт ловить Мефилеса, тогда как Сильвер ловит Иблиса. Именно здесь Шэдоу узнаёт, почему Мефилес его знает, так как Шэдоу является тем, кто запечатал его в Скипетр Тьмы. После возвращения в настоящее, Шэдоу находит Руж, и говорит ей, что Скипетр Тьмы, создан для того чтобы остановить Мефилеса. В это время Соник не достигает корабля Эггмана, внутри которого сидит Элис. Сильвер помогает Сонику вернуться назад во времени, чтобы спасти Элис. Шэдоу, Руж, Омега, Сильвер и Блейз возвращаются в будущее для уничтожения Мефилеса и Иблиса. Шэдоу побеждает Мефилеса, в то время как Сильвер пытается запечатать Иблиса, но Блейз жертвует собой, запечатывая существо в свою душу. Она постепенно исчезает, при этом в разрушенном мире появляется свет.

Мефилес после битвы остаётся живым, и убивает Соника, запустив в него кристалл с лезвием. Элис, обнаружив, что Соник действительно мертв, в отчаянии плачет, выпуская Иблиса. Мефилес поглощает Иблиса, превращаясь в монстра известного как Соларис, а затем создает свой собственный мир, чтобы уничтожить само время. Когда Элис полагает, что Соник может быть не совсем умер, Сильвер объясняет, что они могут использовать Изумруды Хаоса для того чтобы вернуть его к жизни. После долгих поисков Тейлз, Омега, Наклз, Сильвер, Руж, Эми, и Шэдоу находят Изумруды Хаоса и с помощью них и поцелуя Элис возрождают Соника в его супер форме. Супер Соник использует свою силу для превращения Шэдоу и Сильвера в Супер Шэдоу и Супер Сильвера. Соник и Элис возвращаются назад, чтобы найти оригинальную форму Соляриса и затушить его. Элис тушит пламя, тем самым Солярис прекращает своё существование. Однако вместе с Солярисом Элис больше не встретится с Соником.

Вновь начинается «Фестиваль Солнца», только без нападения Эггмана, и по сути, ни одного события игры не происходило. Мимо Элис, проезжавшей в лодке, быстро проносится Соник, теряя одну из перьев в причёске принцессы. Служанка спрашивает её, все ли в порядке, на что Элис говорит, что ей показалось, что кто-то звал её. Другая служанка отвечает, что это просто ветер, тогда Элис говорит, что это, наверное, кто-то знакомый, и улыбается, видимо, зная, кто это был. Игра заканчивается тем как Соник наблюдает за пером Элис, летящим в ночь, тоже улыбаясь.

Игровой процесс

Игровой процесс зависит от того, каким персонажем идет игра. Уровни Соника самые быстрые. Сначала обычный бег с элементами боя, а в итоге спринт. Иногда Сонику придётся спасать принцессу Элис. Уровни Шэдоу подобны Сониковским, но без спринта. Некоторые акты Шэдоу может проходить с помощью автомобиля. Уровни Сильвера больше основаны на боях, но в отличие от Соника и Шэдоу, уровни проходятся несколько медленнее. На уровнях нужно использовать телекинез, чтобы победить врагов. В историях также нужно проходить за других персонажей. Тейлз и Наклз помогают Сонику в пути. Их задачами является нажать на определенную кнопку и так далее. Руж и Омега помогают Шэдоу, а Блейз и Эми — Сильверу. После прохождения всех 3 историй открывается последняя, заключительная история.

В каждой истории игрок будет перемещаться по полям приключений (Adventure Fields), где персонажи могут общаться с горожанами для прохождения игры. Основной геймплей происходит на уровнях, которые становятся доступными по мере прохождения игры. Для прохождения некоторых уровней требуется получить особые приёмы в полях приключений. В городе, игроки могут проходить необязательные миссии, чтобы заработать кольца, которые можно потратить на особые приёмы своих персонажей.