В то же время Человек-Паук проникает в здание "МехаБиоКон" и спасает Гаргана, но один из ученых включил пси-луч, и Скорпион под влиянием разума решил убить Человека-Паука. После долгой погони по улицам Нью-Йорка, Питер уничтожает генераторы разума и Гарган стал свободным. Гарган решил отомстить Стилвелл, но Человек-Паук убеждает его объединиться вместе и стать его союзников в борьбе с компанией. Тот соглашается. После этого, Питер решил поспать.

Пока Питер спит, симбиот охватывает его и создаёт чёрный костюм, который придает больше силы и жестокости. Марко, став Песочным Человеком, грабит банк и направляется в метро. Человек-Паук преследует его и в конце концов побеждает, растворяя врага в воде и смывая его в канализацию. Тем временем Крэйвен-Охотник и Калипсо решили прикончить Человека-Паука путём захвата доктора Коннорса, который тот стал Ящером. В канализации, Человек-Паук сражается с Крэйвеном и Ящером, в итоге Крэйвен терпит поражение, а Коннорс вновь вернул себе человеческое обличье.

После того, как Человек-Паук расправился с тремя лидерами банд, (в их числе главарь "Апокалипсиса"; Присцилла, лидер "Сладкой Отравы" и Самурай, лидер "Ордена драконохвостых"), Джеймсон посылает Паркера на пресс-конференцию в зале суда, где собрались арестованные банды и свидетели преступления. Тем не менее, Уилсон Фиск, по кличке Амбал, освобождает лидеров и всю банду.

Эдди Брок и Питер Паркер получают от босса задание: запечатлеть на фотографии правонарушение Человека-Паука, и ставит условие, что тот, кто выполнит, получит штатную работу. Брок пытается подделать фотографии, и Человек-Паук, находящийся под влиянием нового костюма, ломает фотоаппарат и угрожает Броку.

Человек-паук понимает, что благодаря Амбалу начнется преступная война. Он засек местонахождение всей банды и решил покончить с этой "Преступной Империей Фиска" здесь и сейчас. Он побеждает всех лидеров банд и самого Амбала. Скинув его со здания, он увидел, что Кингпин испарился. Тем не менее, война с преступностью выиграна и режим Кингпина свергнут.

Питер отправляет Мэри Джейн домой с прогулки на паутине по городу, после того, как между ними возникает непонимание и конфликт. В конце концов Мэри Джейн решает порвать с Питером, и это его сильно огорчает. После этого, Питер решает избавиться от симбиота, и идет в церковь. К несчастью, Брок находился в этой же церкви и видел Паркера под маской Человека-Паука. Симбиот покидает Питера, но находит нового хозяина — Эдди Брока, который называет себя Веномом, мечтающим отомстить Паркеру.

Город охватывает инфекция Ящера, а Питер решает навестить Коннорса. Тот объясняет ему, что в лаборатории в канализации, находятся лекарства от заразы. После того, как Человек-Паук спас всех людей от мутаций с помощью антидотов, изготовленных доктором Коннорсом, он решает извиниться перед Мэри Джейн, но Гарган успел позвать Питера. Человек-Паук решил объединиться со Скорпионом, и штурмовать фабрику "МехаБиоКон", чтобы заставить доктора Стилвелл поплатиться за все, что она ему сделала. Также они видят, как Стилвелл с Носорогом, держат в плену доктора Эндрюс, которая встала на сторону Скорпиона. Добравшись до Эндрюс, она шантажирует Скорпиона, предлагая убить Человека-Паука, в обмен на жизнь доктора Эндрюс, но тот отказывается, и она посылает Носорога убить их обоих. Человек-Паук и Скорпион вместе побеждают Носорога и спасают Эндрюс, после чего Скорпион хотел отомстить Стилвеллу за все её злодеяния, но Паркер с помощью Эндрюс убедил Гаргана оставить Стилвелл в покое, т.к. она единственное доказательство преступления. Он в конце концов соглашается, а Карлайл с его людьми врываются в офис и атакуют героев, которые увозят доктора Эндрюс и раненую Стилвелл. Паркер и Гарган идут спасать их. Но Карлайл вызвал свой вертолет, чтобы уничтожить героев. Скорпион и Паркер под обстрелом уничтожают вертолет и попадают в башню, где находят Карлайла, удерживаюшего доктора Эндрюс, и доктора Стилвелл, которая перешла на сторону Карлайла. Он заставляет Паука снять с себя маску, иначе тот убьет её. Понимая, что у Питера выкрадут девушку, он отчаянно снимает с себя маску. Когда Питер отвлекает его смехом, Скорпион стреляет в плечо Люка, а сам Паук связывает Стилвелл. Раненый Карлайл падает с башни, зацепившись за Эндрюс, которую он чуть не уволок с собой вниз. Человек-Паук и Скорпион успевают снять с руки её часы, а Люк разбивается насмерть.

Уже к заводу приезжает полиция с репортёрами, Человек-Паук, Скорпион и Джессика встречают полицейских и самого капитана полиции Джорджа Стейси. Но тут врывается раненый Носорог, и, под видом заложника, пытается убить Паука, но капитан, стрельнув из автомата, загнал Носорога в воду, и тот утонул. Эвакуировав всех ученых, герои вместе с Джессикой уплывают обратно в Нью-Йорк, где проводят репортажи с места событий. Попрощавшись с Джессикой и с Скорпионом, он улетает домой.

Брок в обличии Венома находит Песочного Человека и шантажирует его, предлагая одновременно напасть на Человека-Паука, угрожая расправой над дочерью Марко — Пенни. Марко в конце концов соглашается.

Они похищают Мэри-Джейн, и Питер вынужден одеть свой старый костюм. Понимая, что ему не справится в одиночку, он просит Гарри помочь ему, но тот прогоняет его. Песочный Человек и Веном удерживают Мэри Джейн в такси в недостроенном высотном здании. Человек-Паук борется с Веномом и Песочным Человеком, а Гарри, оправившись от травмы головы, решает помочь Питеру и занимается спасением Мэри Джейн в обличии Нового Гоблина. Гарри прилетает к зданию и спасает Мэри Джейн, побеждая Песочного Человека. Гарри нападает на Венома, но тот убивает Нового Гоблина, который за все прощает Питера. Питер побеждает Венома, ослабляя звуковой вибрацией от строительных балок и скинув его со здания. Питер покидает здание, а Веном падает на заостренные балки и погибает.

Питер и Мэри Джейн снова вместе, а Песочному Человеку возвращают Пенни.

Игровой процесс

Игра сохраняет многие элементы геймплея из предыдущих игр, среди которых — свободное путешествие по Манхэттену, который теперь стал огромным. Были введены различные изменения в управлении и системе боя. В версии Nintendo DS управление боем происходит только на сенсорном экране, а D-pad используется только для управления движением Человека-Паука. Также введена возможность по ходу игры превращаться из обычного Человека-паука в чёрного, что дает некоторые новые приемы. (Однако можно купить эти приёмы для красно-синего костюма.)

Человек-Паук теперь при полетах на паутине цепляется не за «воздух», а за окружающие объекты и поверхности. В чёрном костюме Человек-Паук становится быстрее, ловчее и сильнее. Это дает ему больше возможностей в борьбе с преступностью и тем самым он освобождает город "Нью-Йорк" от злодеев.

Рецензии и награды

Журнал «Игромания» оценил игру в 6.5 баллов из 10, отметив, что визуально игра выглядит внушительно.