;Подземелья Припяти: По дизайн-документам в планы разработчиков входило создание огромной подземной локации, соединяющей все лаборатории и объекты в одно целое. Таким образом, например, из X-18 можно было попасть на ЧАЭС. Яростно охраняются «Монолитом». Реализовано не было, но в игре повсеместно встречаются отсылки в виде заваленных ходов и железнодорожные пути под землёй. В «Зове Припяти» часть этой локации была возвращена в подземном Путепроводе «Припять-1».

Генераторы: Небольшая локация севернее ЧАЭС, по сути является наиважнейшей, поскольку Второй взрыв произошёл там. Об этом говорит статья в ПДА о происхождении Зоны: «С помощью спутников удалось выяснить, что эпицентр взрыва находился не у блоков самой АЭС, а в километре от них». Центральная часть занята сооружением, состоящим из выстроенных кругом шаров (генераторов) и находящейся в центре антенны. Около каждого шара находится участок вспученной земли. Местность покрыта мертвым лесом, присутствуют болота. Невдалеке от установки находится военная база с подземным ходом наружу. Также присутствует небольшая деревня. В оригинальной версии генераторы помещены на локацию ЧАЭС, и выстроены прямоугольником для компактности, так как при этом АЭС становится ключевым объектом игры. Ранее ошибочно приравнивалась к локации Darkscape.

;Ранняя версия Свалки: Сильно отличающаяся от самой себя в финальной версии. В несколько раз больше оригинала.

Военная лаборатория: (Лаборатория X-17). Подземная лаборатория-бункер — по сути, должна была являться базой О-Сознания, которая в финальной версии находится на ЧАЭС, располагалась на локации Генераторы. Вырезана из игры, но присутствует в некоторых файлах в папке gamedata как warlab. Играбельна в билде 1935. Некоторые части лаборатории присутствуют в финальной версии игры, на Тёмной долине, Лабораториях X-18, X-10 и X-16. Локация возвращена в «Зове Припяти» под названием «Лаборатория Х-8»

;Янтарь: Изначально выглядел совсем иначе, нежели в релизе. В своем истинном виде присутствует в билде 1935. Здесь нет болота и завода с зомби, зато вместо этого имеется довольно большая деревня, отдаленно напоминающая деревню кровососов на Военных складах. Также здесь вместо мобильного бункера Сахарова находится огромный научный комплекс со спутниковыми тарелками. Сам бункер присутствует, но судя по всему, это контур без внутренних помещений. Под локацией расположены огромные туннели и катакомбы.

Росток: Присутствует в ряде ранних сборок игры. Реальным прототипом послужил одноимённое предприятие в Киеве, где располагался офис GSC. Слегка изменённый, присутствует в игре в виде карты мультиплеера. «Разобран» при создании завода близ Янтаря. Название сначала перенесено на базу Долга и бар, а после её разделения — на железнодорожную станцию.

Ранги

В S.T.A.L.K.E.R. для главного героя и NPC действует 4-х ранговая система. Ранг определяет точность прицеливания, устойчивость персонажа к повреждениям и другие характеристики. Его повышение в игре зависит от количества выполненных и проваленных заданий, количества убитых сталкеров и мутантов. Данные о ранге игрока и NPC можно увидеть в КПК.

Новичок:

Сталкеры и бандиты с этим рангом одеты в простые кожаные куртки и бандитские куртки со вшитыми броневыми элементами. Вооружены, как правило, пистолетом или обрезом, реже — пистолетом-пулемётом. Военные новички — рядовые одеты в простой бронежилет и носят на голове бандану. Стреляют очень плохо и долго целятся. Часто не замечают под ногами аномалии и погибают в них.