Выясняется, что Меченый был пассажиром «Грузовика смерти» — так сталкеры называют грузовые автомобили, периодически появляющиеся предположительно из центра Зоны, и кроме Меченого в них ещё никого не находили живым.

Документы военных

За спасение Сидорович требует плату — выполнение пары своих заданий, взамен он обещает найти информацию о Стрелке. Игроку предстоит найти посыльного торговца и забрать у него флешку с информацией. Посыльный находится в плену у бандитов, откуда его и освобождают. Попутно главный герой может выполнить некоторые задания второстепенных персонажей. Одновременно Сидорович по своим каналам находит информацию о Стрелке. Выясняется, что это единственный сталкер, которому удалось попасть в центр Зоны, где якобы находится «Клондайк артефактов». Сидорович вместе с другими торговцами уже давно ищет туда дорогу, и Стрелок может оказаться ключом к этим поискам. По данным разведчиков, в бывшем НИИ «Агропром» военные нашли некие документы, и торговец поручает Меченому добыть их. Также он даёт наводку на Лиса — сталкера, имевшего информацию о Стрелке. При встрече Лис не оправдывает ожиданий, о Стрелке он знает немного, и направляет героя к своему брату Серому на Свалку.

На Свалке, поучаствовав в разборках с бандитами, Меченый находит Серого. Тот рассказывает про диггера Крота, нашедшего в туннелях под «Агропромом» тайник группы Стрелка. Крот должен находиться в заброшенном заводе при НИИ. При подходе героя к нему туда высаживается военный десант. Меченый помогает сталкерам отбить атаку. Однако военные высылают спецназ, и Крот выводит людей в безопасное место. Там он рассказывает о катакомбах и тайнике. Далее перед игроком встаёт выбор: он может пробраться на базу военных в НИИ через катакомбы и заодно найти тайник Стрелка, или пройти туда по поверхности. В тайнике Меченый узнаёт о группе Стрелка. Один из её членов, Клык, погиб. Другой, Призрак, возможно, может многое прояснить о Стрелке. Также упоминается некий общий друг, но имени его не называется.

Меченый крадёт документы, связавшийся с ним Сидорович велит отнести их к Бармену — торговцу на заводе «Росток». По его просьбе бойцы «Долга» пропускают Меченого в Бар.

Лаборатория Х-18

В найденных документах раскрывалась истинная деятельность НИИ «Агропром», а также упоминалась некая лаборатория Х-18. Бармен предполагает её местонахождение в Тёмной долине и у него есть один из двух ключей от неё. Второй находится у главаря бандитов Борова. Меченому предстоит достать второй ключ и найти документы в лаборатории. В баре он также может многое узнать о Стрелке и его группе. Попав в Тёмную долину, Меченый убивает Борова, проникает в лабораторию и находит документы.

Во время поиска Меченый убивает огненного полтергейста и на время теряет сознание. В бессознательном состоянии Меченый видит сон:

Одновременно в Тёмную долину высаживается армейский спецназ и перекрывает проходы на Свалку. Сидорович, связавшись с Меченым, велит уходить через Кордон. Там Меченый может защитить деревню новичков от притязаний наёмников и выполнить задание для Сидоровича.

Лаборатория Х-16

Когда Меченый возвращается в Бар, Бармен изучает документы и узнаёт, что «Выжигатель мозгов» рукотворен, также упоминается лаборатория Х-16. Ему известно ещё одно место с похожими на «Выжигатель» свойствами. Старый завод на озере Янтарь давно пользуется дурной славой. Меченому предстоит попасть в лабораторию Х-16 и найти нужную информацию. Неподалёку расположилась мобильная лаборатория учёных, они могут оказать помощь, и там же должен находиться Призрак.