Сюжет

Игра начинается с финальной серии сериала «Вояджер», где звездолёт захватывает в себя борговская сфера. Лейтенант Мунро и его Команда попадают на сферу и пытаются уничтожить поглощающее поле корабля. Уничтожив генератор, Мунро встречается с новым типом боргов, огромным гуманоидом, первым боссом игры. Затем действие продолжается по сюжету сериала — «Вояджер» уничтожает сферу торпедой изнутри и возвращается домой.

Списанный в расход адмиралтейством Звёздного флота, посчитавшим Команду опасности ненужной в «мирной Федерации», Команда разделяется. Мунро остаётся в Академии инструктором по тактике небольших отрядов. Через два года, его замечает капитан Пикар и подаёт просьбу о переводе Мунро на его корабль и воссоздании Команды опасности. Вскоре после этого, «Энтерпрайз» получает сигнал бедствия с звездолёта «Далласа» на орбите вокруг аттрексианской станции. На «Далласе» служит Телсия Мёрфи, бывшая боевая подруга, и возможный любовный интерес, Мунро.

На борту «Далласа», Команда обнаруживает расу инопланетян, позже названных экзоморфами, захвативших корабль. После спасения оставшихся в живых членов экипажа, Мунро воссоединяется с Телсией, приглашая её обратно в Команду. Команда обнаруживает что станция также находится в осаде от экзоморфов. После реактивации оборонных систем станции, оставшиеся экзоморфы покидают её, оставляя ионные следы, по которым «Энтерпрайз» следует до планеты Идрилл.

На поверхности планеты, Команде приходится сражаться со вторым боссом — огромном жуке-матке. Мунро затем обнаруживает археологическую базу производящую экзоформов. Этой базой управляют Криндо, его отец и Клия (второй возможный любовный интерес Мунро), использующие этих существ в роли рабов. Они объясняют что экзоморфы стали враждебными из-за неполадков в системе. Клия решает остаться на борту «Энтерпрайза» чтобы помочь Мунро. Это не по душе Криндо, который посылает свои войска на вторжение корабля Федерации в то время пока «Энтерпрайз» отключает свои энерго-щиты чтобы телепортировать Команду на поверхность аттрексианской колонии Таравар 7, на которую тоже напали экзоморфы. Предотсвратив уничтожение «Энтерпрайза» подрывниками Криндо, Мунро выходит на внешнюю обшивку корабля чтобы вручную управлять импульсным фазером для обороны от вражеских торпед и обезвреживании корабля Криндо.

После спасения корабля, Команда телепортируется в колонию, где она помогает колонистам победить Четвероногого, третьего босса. На заводе неподалёку, Мунро обнаруживает упавший корабль Криндо. Преследуя его к другой планете, Мунро побеждает Левиафана, четвёртого босса, и извлекает из него информацию о местной базе. Вскоре после поимки, Криндо становится свидетелем гибели своего отца, пытавшегося помочь аттрексианцам на Тараваре 7. Мунро удаётся убедить Криндо отменить вторжение и, после встречи с пятым боссом, Сталкером, обоим удаётся сбежать.

На «Энтерпрайзе», Криндо сознаётся что зарабатывал деньги продавая бесценные артефакты одному торговцу-ференги. Криндо предполагает что тот ференги декодировал местонахождение основной контрольной базы, способной перенять контроль всеми управляющими центрами экзоморфов. После погони сквозь базу наёмников и схватку с клигноном Луроком, шестым боссом, торговец-ференги по-имени Омаг попадает в плен.

Во время допроса, он раскрывает что продал координаты к основной базе тайной ромуланской группировке под названием Пустая корона. Под видом ромуланца, Мунро внедряется на базу ромулан и, с помощью ромуланской шпионки, обнаруживает местонахождение основной контрольной базы. Но когда та шпионка раскрывает что является членом Пустой короны, Мунро приходится сражаться с ней как с седьмым боссом. Под конец сражения, Гонзалез, один из членов Команды, жертвует собой давая Мунро время телепортироваться на «Энтерпрайз».

Финальная битва происходит в ромуланской Нейтральной зоне. Пробравшись через лавовые пещеры, Мунро встречает Коммандера, восьмого босса. Затем он проникает на базу, оккупированную ромаланами под предводительством коммандера Сулдока. Пока «Энтерпрайзу» приходится объяснять своё присутствие в Нейтральной зоне подходящим ромуланским «Боевым птицам», Мунро сражается с Сулдоком, девятым боссом. После победы над Сулдоком, появляется финальный босс, Археопендра.

Победив Археопендру, Мунро возвращается на «Энтерпрайз». Пикар передаёт в руки ромулан доказательства вины Пустой короны и мирно покидает Нейтральную зону. Пикар также особенно рад успехами Команды опасности и посылает в адмиралтейство предложение на создание аналогичных отрядов на других кораблях Звёздного флота. Финальная сцена показывает как Мунро целует либо Телсию либо Клию, в зависимости от того чьё приглашение он принял перед финальным заданием.