Пролог кампании начинается на секретной базе Умойджанского протектората, куда принц Валериан Менгск и Рейнор привозят Сару Керриган. Над ней проводят опыты, пытаясь определить, как много осталось от Королевы Клинков. Рейнор решает, что тестов достаточно и собирается забрать Сару с собой. Но за час до отлёта, армия Менгска обнаруживает базу и начинает штурм, убивая всех на своем пути в попытках захватить Сару Керриган. Валериану удается эвакуировать выживших на «Гиперион». Рейнор и Керриган добираются до космопорта, однако оказываются разделены рухнувшим мостом. Джим уговаривает Сару улететь одной, обещая, что Валериан его забёрет. Принц признается, что силы Доминиона слишком велики и вовремя забрать они его не смогут. В этот момент Рейнора находит Нова.

В ходе опытов на базе Сара не раз управляла ульем зергов. Поэтому, веря, что Джим сумеет выбраться к точке сбора, она берет под контроль стаю, чтобы уничтожить орбитальную пушку Доминиона. Мать стаи признаёт в ней Королеву Клинков и справляется о дальнейших планах, на что Керриган говорит, что больше они ей не понадобятся. После уничтожения отрядов Доминиона, Сара летит в точку сбора. Там ожидая любимого, она ловит обращение императора Менгска к народу, в котором говорится, что террорист Джеймс Рейнор убит. Горя искренним желанием отомстить, Керриган уводит корабль на территорию зергов в поисках Левиафана.

Она находит Левиафан и становится во главе его. Здесь она получает вводные данные о текущем состоянии Роя от своего старого «адъютанта» Изши. Поняв, что с одним Левиафаном она не достигнет желаемого, Керриган решает возродить Рой. Сделать это возможно лишь после того, как все Матери стай признают её своей Королевой. Она начинает путешествовать по сектору Копрулу в поисках разрозненных выводков, находящихся под контролем разных Матерей. Собирая выводки и пребывая в ярости, она опустошает несколько планет, в том числе и Чар, изгнав оттуда войска Доминиона и убив генерала Ворфилда.

Внезапно её посещает Зератул. Он сообщает Саре о гибридах и рассказывает правду о происхождении зергов. Керриган, впрочем, это не интересует: её цель одна — отомстить Менгску. Однако Зератул уверяет, что её жажды мести будет вполне достаточно. Керриган соглашается, что должна стать сильнее, а значит вновь принять обличие Королевы Клинков для полного подчинения Роя себе. Эта возможность предоставляется ей на планете первозергов — Зерусе, где она находит Омут Перворождения. Она заходит в него и через некоторое время полностью перевоплощается. По мере того, как её стая крепнет, Сара получает новые псионические способности, совершенствует свои войска, а также находит новых союзников.

В это время на её Левиафан доставляют терранский передатчик. Голограмма Арктура Менгска сообщает Керриган, что Рейнор жив, но если она будет вести активные действия против Доминиона, то с Джимом будет покончено. Не долго думая, Сара связывается с «Гиперионом» и просит Хорнера и Валериана помочь ей выследить местоположение Рейнора. Вскоре поступает информация, что тюремный корабль, перевозящий Джима ненадолго задержится у станции «Атлас». С боем прорвавшись через защищённые отсеки корабля, Керриган освобождает пленника. Придя в ужас от её поступка, Рейнор злобно отчитывает Сару за бессмысленность содеянного и уходит.

После этого, заручившись поддержкой своего нового союзника Алексея Стукова, Керриган саботирует секретную лабораторию Доминиона, где доктор Наруд (Самир Дюран из Star Craft: Brood War) занимается производством гибридов протоссов и зергов. В финальной битве, с помощью Стукова, она убивает Наруда.