Syphon Filter 2 — после того как первая часть игры была принята игроками, вышло продолжение, которое развивает сюжет предыдущей части.

Сюжет

За Гейбом и Лиан теперь ведётся охота после того, как они раскрыли причастность Агентства к вирусу Syphon Filter. Оперативник Агентства Диллон Морган берёт в плен Лиан во время нахождения её и Гейба на складах ФарКом, заставляя тем самым Гейба и команду биохимической защиты, встретиться с бывшей сотрудницей Агентства — Терезой Липан. Но встреча не состоялась, так как истребители Агентства сбивают их транспортный самолёт над горами в Колорадо, и Гейб с лейтенантом команды биохимической защиты Джейсоном Ченсом направляются вниз по горам в поисках сбитого самолёта и, находившихся в нём, дисков с данными. Майкл Арчер пытается остановить их любой ценой.

Группа конспираторов, включаю Мару Арамову и директора Агентства Лайла Стивенса, обещают доставить вирус китайскому генералу по имени Ши Хао. Тем временем, Лиан приходит в себя на американской военной авиабазе, где Морган и ещё два оперативника работают с доктором Эльзой Вайсингер из компании ФарКом, чтобы извлечь заражённую плазму из подопытных людей. Проникнув вглубь, Лиан узнаёт, что один из подопытных — Фаган, который был ещё жив после выстрела и сотрудники Агентства успели взять у него образец плазмы, и что последним необходимым звеном для них является захваченная ими Лиан.

В конце концов, Лиан с помощью рядового солдата сбегает из медицинского корпуса и допрашивает агента Томаса Хоффмана и узнаёт об операциях, планируемых Морганом для выставочного центра ФарКом, чтобы найти расшифровочные диски. Она покидает базу на вертолёте.

Тем временем Ченс и Логан уходят от погони и с боем пробиваются вперед по шоссе Колорадо. Им удается в темноте обойти основные скопления врагов и попасть на мост, при взрыве которого Логан попадает на несущийся поезд. Арчер, теряя людей все больше и больше, в попытках уничтожения Гейба, в конце концов подрывает железнодорожный мост, отправляя поезд в пропасть, но Гейбу удалось спастись на вертолете подоспевшей Лиан Синг. Гейб убивает Арчера, пока тот пытался ускользнуть, и захватывает данные ФарКом.

Гейб, Лиан и Тереза преследуют Хоффмана до экспо центра и нейтрализуют Моргана, до того как он получает диски, которые искал. После расшифровки данных ФарКом, Тереза понимает, что некоторая информация отсутствует. Другая часть должна быть у Юрия Грегорова, командира русских войск, который появлялся на складах, перед тем как Логан улетел. Так как Лиан и Юрий знали друг друга, они договорились встретиться в Москве, в клубе 32.