Тем временем остальные перенесли яйца на корабли, отправили на гидропонную палубу, которую потом заблокировали. Полито начала изучать доставленный блок данных и обнаружила в нём аудиофайл, с записанной на него речью; это можно было проигнорировать, однако слова явно звучали на английском языке!

На третьей палубе в это время началось исследование яиц, которым руководил доктор Марк Миллер. Вскоре его постигла судьба старших офицеров: он попал под пси-контроль и стал под влиянием Многих, заниматься вопросом о воспроизведении инопланетной расы. Для успешного процесса необходимо было создать нечто, вроде матки, однако обычные женщины не могли выдержать влияние токсинов. Поэтому Миллер решил кибернетически изменить женщин, тем самым сделав их организмы практически неразрушимыми. Марку не хватило воображения, чтобы создать окончательный вариант, и его подсказали Многие. Схемы имплантатов лежали у доктора на столе, где их обнаружила медсестра Эрин Блум, которая, по замыслу Миллера, должна была стать первой модифицированной женщиной.

События игры

Центр обучения

За 4 года до основных событий сюжета.

Главный герой прибывает в Центр обучения UNN, где в течение четырех лет (по хронологии игры) проходит обучение. Предоставляется возможность выбрать одну из трех специализаций, ознакомиться с интерфейсом и принципами управления игры в учебном киберпространстве(первый год обучения), а также пройти «стажировки» — дополнительное обучение в рамках выбранной специализации (второй-четвертый годы), определяющее исходный набор способностей и навыков. Также в Центре обучения герою устанавливают нейро-компьютерный интерфейс, позволяющий подключать съемные имплантаты.

После завершения обучения солдат G65434-2 переводится в состав экипажа Рикенбакера, однако прибывает для размещения на Фон Браун и до особых распоряжений находится в криосне на Палубе 2.

Фон Браун, палуба 2, Med/Sci

Главный герой пробуждается от криосна на Палубе Медицины и Науки, все процессы проходят успешно, кроме восстановления памяти, во время которого происходит ошибка. В результате герой не помнит ничего, что произошло в последние три недели. С ним связывается женщина, представляющаяся как доктор Полито, и сообщает, что на корабле происходит «что-то очень плохое», и солдат должен найти её на четвертой палубе. Сразу после этого на радарной системе напротив отсека происходит взрыв, и осколок попадает в криоотсек А, вызывая разгерметизацию. Тем не менее, солдату удаётся вовремя уйти из опасной зоны. Перейдя в Научный сектор, герой оказывается рядом с главным лифтом. При попытке им воспользоваться обнаруживается, что главный двигатель Фон Брауна не работает и, как следствие, отсутствует основное питание, в том числе и для лифтов. Чтобы включить главный двигатель, нужно спуститься на инженерную палубу. Единственный способ сделать это — воспользоваться аварийной лестницей, но для доступа к ней нужен код. Отыскав его, герой переходит на Палубу 1.

Фон Браун, палуба 1, Engineering

На палубе герой сталкивается с большим количеством утечек радиоактивного охладителя, из-за которого система безопасности заблокировала ему проход к Ядру Двигателя. Устранить утечки может помочь насосная станция, которую после получения кода доступа пытается активировать G65434-2, но это не удаётся, так как КСЕРКС заблокировал её работу. Способ решения подсказывает лог Делакруа: установка специальной панели в контрольном центре палубы. Сделав это, герой запускает насосную станцию. Главный Двигатель включается путём активации двух гондол и запуска в контрольном пункте, и подаёт питание на лифт. Герой пробует воспользоваться им, чтобы отправиться на Четвёртую Палубу, но лифт сообщает об инородных телах в шахте. Полито советует отправиться на Палубу Гидропоники, чтобы решить возникшую проблему.