В то время, когда главному герою делали операцию, SHODAN начала выходить из-под контроля руководства станции. При снятии этических барьеров с SHODAN Хакер превратил обычный ИИ в машину зла. SHODAN, используя системы охраны, уничтожила половину персонала станции, а остальную половину превратила в мутантов и киборгов, создав собственную маленькую армию.

Собственно игра начинается с того, что главный герой приходит в себя на операционном столе, вспоминая, где он находится. Вскоре после выхода из своей палаты он стал объектом атаки роботов-уборщиков. Главному герою удалось спастись от роботов-убийц. Осматривая станцию и находясь при этом в полном окружении врагов, Хакер понял, что на станции нет ни одного живого человека, кроме него. Продолжая свои поиски живых людей на первой палубе (медицинской), Хакер, наконец, выяснил, что SHODAN вышла из-под контроля. Этому свидетельствовали ее пугающий облик на экранах и ее зловещий голос, приходящий по e-mail Хакеру.

SHODAN намекнула Хакеру, что через некоторое время Земля пострадает от бурильного луча, предназначенного изначально для добычи ресурсов. Главный герой, понимая, что у него нет выбора и что ему терять нечего, решил остановить попытку SHODAN. Пройдя очень тяжелый путь сквозь сотни солдат и ловушек SHODAN, Хакеру удалось предотвратить катастрофу в виде бурильного луча.

Вскоре выяснилось, что SHODAN намерена пустить на Землю мутагенные вирусы, из-за которых все население Земли могло превратиться в мутантов. По мере уничтожения персонала станции SHODAN проводила свои эксперименты над живыми людьми, создав новую расу существ, которая сыграет очень важную роль в продолжении игры, System Shock 2. Она была намерена, используя своих существ, переправить сад (Grove), где проводились ее опыты, на Землю. На этот раз уничтожить сад было труднее, учитывая то, что станция была практически вся сломана, и отстрелить от «Цитадели» сад было возможно только при починке нужных приборов. Главному герою удалось отстрелить сад от Цитадели, и информация о том, куда именно улетела эта лаборатория, отсутствует. (На самом же деле отсек упал на планету Тау Кита 5, вместе с небольшой частичкой SHODAN — та выживает с помощью «сна» — это выясняется в продолжении игры).

Главный герой продолжает продвигаться по этажам «Цитадели». Вскоре он оказывается на седьмой палубе станции, где узнает о том, что на этот раз SHODAN намерена перезаписать себя с Цитадели в компьютеры Земли и тем самым получить полное мировое господство. К удаче Хакера, он находится как раз на той палубе, где располагались антенны, через которые SHODAN вот-вот собиралась осуществить свой план. На этот раз, задача была более легкой по сравнению с отстрелом сада. Используя взрывчатку, Хакеру удалось уничтожить антенны, и очередной план SHODAN был сломан. Все её попытки поработить и уничтожить Землю оказались неудачными. Но Хакер, понимая всю серьёзность ситуации, на этом не останавливается и решает полностью уничтожить SHODAN. Хакер намеревается уничтожить всю станцию путем перегрузки реактора, тем самым уничтожить всех рабов и слуг SHODAN. Успешно справившись с перегрузкой реактора, Хакер отправляется на десятую по счету палубу, которая представляет собой капитанский мостик «Цитадели». Перед входом на палубу главный герой встречается с Эдвардом Диего, превращенным SHODAN в супер-киборга, и, успешно уничтожив его, продолжает свой путь до мостика станции. К этому времени, все девять палуб «Цитадели» были полностью уничтожены, как и рассчитывал Хакер. Десятая палуба отстрелилась от станции и осталась в целости и сохранности. Однако SHODAN оказывается еще жива, ее сервера находились на мостике, надежно защищенные от физического воздействия. Игроку приходится войти в киберпространство и уничтожить SHODAN оттуда.